日本禁止垄断法为了有效打击市场中的违法行为，不但规定了课征金制度，还规定了对企业和企业责任者个人的刑事处罚制度。刑事处罚的对象范围比课征金制度还要广泛，包括所有卡特尔行为和私人垄断行为等。但是，《禁止垄断法》规定，处于违法者刑事处罚的前提需要公平交易委员会向检察院告发，经过检察院的起诉才能成为法院审判的对象。这是日本独有的一种反垄断刑事处罚制度。实质上，日本《禁止垄断法》所规定的刑事处罚的对象与美国的相同，仅限于核心卡特尔和串通招投标行为。

日本最初规定的刑事处罚的罚金金额上限为500万日元,1992年的《美日构造协议》生效后，日本提高了罚金上限至1亿日元，2002年又提高到了5亿日元，同时对个人处于3年以下的有期徒刑、500万日元以下罚金。一审案件的受理法院也从以前的东京高等法院改为全国的地方法院。

公平交易委员会于1990年发表了《刑事告发方针》，表明要对价格卡特尔、限制供应的数量卡特尔、分割市场协定、串通投标、共同拒绝交易等给国民生活造成深刻影响的恶劣、重大的违法案件要积极追究刑事责任。尽管如此，日本的刑事处罚措施的适用还是有一定的局限性，刑事案件与美国相比还是相当地少，《禁止垄断法》实施以来，适用刑事处罚的案件约有10多件，大都是近年适用的。对个人的处罚大都被判为缓期执行，实际上对个人处于监禁刑予以收监的迄今为止还没有出现。