申请材料不同

个人需要提供个体执照和身份证的复印件，而公司只需要提供公司营业执照，并在盖公章某些地方盖公章就可以了。

商标权的归属不同

个人注册商标权归属于提供身份证的自然人；公司注册，商标权归属公司所有，并不属于某一个股东，而属于所有股东。

后期使用

很多公司会更换营业地址和公司名称，这个时候就需要将商标档案做一下变更，因为商标局留的是之前的申请档案，不及时变更在续展、处理商标其他事务的时候会有麻烦，例如同一个企业申请相同或者近似的商标，就会失败。个人申请的商标，只要身份证不变就没有这样的麻烦。