商标注册使用许可应当遵循法定的程序。我国商标法第40条规定，商标注册人许可他人使用其注册商标，应当签订商标使用合同；合同签订后，应当报商标局备案。
（一）签订商标注册使用许可合同
许可人和被许可人应当本着自愿和诚实信用的原则签订使用许可合同。因商标注册使用许可合同必须报商标局备案，所以只能采用书面形式签订。
商标注册使用许可合同一般应当具备以下内容：
1.双方当事人的情况，如姓名或名称、住所等；需要说明的是，新商标法承认了我国自然人的商标权主体地位，即我国自然人可以拥有注册商标。所以商标注册使用许可合同的当事人可以是自然人，企业可以许可自然人使用其注册商标，自然人也可以许可企业使用其注册商标；
2.许可使用的注册商标的情况，如该商标的名称、标识注册证号等；
3.许可使用的方式，即明确是独立许可、排他许可、还是普通许可；
4.许可使用的商品或服务的范围，该范围不能超过该注册商标核定使用的商品或者服务的范围；
5.许可使用期限，该期限不得超过注册商标本身的有效期限；
6.许可使用的地域范围；
7.许可使用商标的标识提供方式；
8.许可使用费及其支付时间、地点、方式等；
9.许可人对商品质量进行监督的措施；
10.在被许可人的商品上标明被许可人的名称和商品产地的条款；
11.违约责任；
12.争议的解决方式；
13.双方以为需要约定的其他事项。 许可人与被许可人在签订商标注册使用许可合同时，应当尽可能地将内容约定地详细、具体、明确。这样有利于合同的履行。即使发生纠纷，也容易分清责任。合法有效的商标注册使用许可合同给双方当事人设立了一定的权利和义务。其中，许可人的义务包括：
（1）保持注册商标的有效性。在商标注册使用许可合同的有效期限内，未经被许可人同意，许可人不得转让其注册商标，不得放弃续展商标，不得申请注销其注册商标。
（2）监督被许可人使用该注册商标的商品质量。
（3）保证被许可人使用注册商标，维护被许可人的利益。
当第三人侵犯注册商标时，许可人应当及时采取措施予以制止。被许可人的义务包括：
（1）保证使用许可人注册商标的商品质量，并在商品或包装上标明被许可人的名称和产地。若违反该义务，被许可人除了承担违约责任外，还要承担一定的行政法律责任：由被许可人所在地工商行政管理机关责令限期改正，收缴其商标标识，并可根据情节处以5万元以下的罚款。
（2）按合同的约定交纳许可使用费。
（3）未经许可人书面授权，不得许可第三人使用。
（4）若发生商标侵权被许可人应当协助许可人查明事实。
（二）商标注册使用许可合同的备案
商标法规定，商标注册使用许可合同应当报商标局备案。需要注意的是，备案并不是合同的生效要件，也就是说，商标注册使用许可合同一般是自合同订立时生效。备案的作用主要有三个：一是便于国家对注册商标进行管理；二是通过商标注册使用许可合同的备案审查，从中发现问题，及时纠正，从而更好地维护当事人的合法权益；三是通过商标公告，向社会公布商标注册使用许可情况，为消费者选购商品提供方便。 《商标注册使用许可合同备案办法》对商标注册使用许可合同的备案作了具体而又明确的规定。根据该《办法》，许可人和被许可人应当在注册商标注册使用许可合同签订之日起3个月内，将许可合同副本交送其所在地县级工商行政管理机关存查，并由许可人报送国家工商行政管理局商标局备案。申请备案时，许可人应当提交下列书件：
（1）商标注册使用许可合同备案表；（2）商标注册使用许可合同副本；（3）许可使用商标的注册证复印件。
人用药品商标注册使用许可合同备案，应当同时附送被许可人取得的卫生行政管理部门的有效证明文件；卷烟、雪茄烟和有包装烟丝的商标注册使用许可合同备案，应当同时附送被许可人取得的国家烟草主管部门批准生产的有效证明文件；外文书件应当同时附送中文译本商标局对报请备案的合同应当进行审查。有下列情形之的，商标局不予备案：
（1）许可人不是被许可商标的注册人；
（2）许可使用的商标与注册商标不一致的；
（3）许可使用商标的注册证号与所提供商标注册证号不符的；
（4）许可使用的期限超过该注册商标的有效期的；
（5）许可使用的商品超出了该注册商标核定使用的商品范围的；
（6）商标注册使用许可合同缺少必备条款的；
（7）备案申请缺少有关书件的；
（8）未交纳商标注册使用许可合同备案费的。
商标注册使用许可合同备案书件齐备，符合商标法有关规定的，商标局予以备案，并刊登在《商标公告上》；对不符合规定的合同，退回许可人。许可人应当自收到退回备案材料之日起1个月内，按照商标局指定的内容补正再报送备案。有下列情形之一的，应当重新申请商标注册使用许可合同备案：
（1）许可使用商品范围变更的；
（2）许可使用的期限变更的；
（3）许可使用的商标权发生转移的。
未备案显然不影响合同的效力，但当事人应当承担一定的行政法律责任。由许可人或被许可人所在地工商行政管理机关责令限期改正；拒不改正的，处以1万元以下的罚款，直至报请商标局撤销该注册商标。若注册商标被撤销，则会导致商标注册使用许可合同无效。可见未备案仍有可能影响合同的效力。