商标使用许可合同备案制度是一个法律术语，根据２００１年的《商标法》第四十条的规定：“商标注册人可以通过签订商标使用许可合同，许可他人使用其注册商标。许可人应当监督被许可人使用其注册商标的商品质量。被许可人应当保证使用该注册商标的商品质量。经许可使用他人注册商标的，必须在使用该注册商标的商品上标明被许可人的名称和商品产地。商标使用许可合同应当报商标局备案。”
关于商标使用许可合同备案制度，２０１３年的《商标法》做了修改，第四十三条规定：“商标注册人可以通过签订商标使用许可合同，许可他人使用其注册商标。许可人应当监督被许可人使用其注册商标的商品质量。被许可人应当保证使用该注册商标的商品质量。经许可使用他人注册商标的，必须在使用该注册商标的商品上标明被许可人的名称和商品产地。许可他人使用其注册商标的，许可人应当将其商标使用许可报商标局备案，由商标局公告。商标使用许可未经备案不得对抗善意第三人。”
《商标法》上述条文中并未明确规定商标许可的类型，但是按照商标许可合同中商标注册人（许可人）与被许可人的权利义务的设定，可以将许可合同分为：
独占许可。它是指商标注册人无权使用，也不得将该商标许可给第三人使用，而仅仅许可一个被许可人在合同约定的区域、时限、合同约定的商品或服务上使用其注册商标。
排他许可。它是指除商标注册人自己使用注册商标外，商标注册人还可以许可一个被许可人在合同约定的区域、时限、合同约定的商品或服务上使用其注册的商标，商标注册人不得将该商标许可给第三人使用。
普通许可。它是指除商标注册人自己使用注册商标外，商标注册人还可以许可不止一个被许可人在合同约定的区域、时限、合同约定的商品或服务上使用该商标。
按照商标法的规定，商标注册人可以通过签订商标使用许可合同，许可他人使用其注册商标，商标使用许可合同应当报商标局备案。《商标法实施条例》第四十三条还规定，许可人和被许可人应当在许可合同签订之日起三个月内，将许可合同副本交送所在地县级工商行政管理机关存查，由许可人报送商标局备案。许可他人使用注册商标的，许可人应当自商标使用许可合同签订之日起３个月内将合同副本报送商标局备案。报送备案时，许可人应提交《商标使用许可合同备案表》、商标使用许可合同副本、《商标注册证》复印件，并按照规定缴纳备案费。２０１３年的《商标法》规定“许可他人使用其注册商标的，许可人应当将其商标使用许可报商标局备案，由商标局公告。”规定商标使用许可合同“应当”备案，但是商标许可使用合同不是必须经过备案才产生法律效力的。这是因为：
首先，《商标法》和《商标法实施条例》已经充分体现了尊重私权自治的原则，商标许可使用是民事主体之间自愿发生的民事行为，双方许可使用合同一经签订即产生法律效力，除非当事人特别约定，不需要经过他人的批准或确认，如果发生法律上的纠纷，双方当事人则可以寻求司法救济。其次，许可使用协议是主合同，许可备案是从合同，按照主合同与从合同的关系，主合同不依赖从合同而独立存在，从合同以主合同的存在为前提，在效力上受主合同的影响和制约，因此不进行许可备案并不影响许可协议的成立，除非双方在许可协议中有特别的约定。
既然备案不是商标许可使用的必经程序，也不是许可合同成立的要件，那么为什么还要规定“应当”备案呢？因为经过国家商标主管机关备案的商标许可合同有利于执法机关掌握商标使用人使用注册商标的情况，及时查处商标侵权行为。所以，从这一角度理解，国家法律做出强制性规定，立法宗旨不在于干涉民事行为，而在于提高执法的准确性，切实保护商标注册人的合法权益，维护正常的公平竞争的社会秩序。
未经备案的商标许可使用合同不影响该许可合同的效力，但是该许可合同不得对抗善意第三人（不知情、无过错之人）。由于商标权具有准物权的性质，根据物权公示的原则，对于商标权能处分或者变动也需要公示。商标许可使用合同的备案手续，也就是对商标使用权能变动的公示。商标使用权能变动的公示，对于社会公众，特别是对于那些需要与该商标权人进行交易的善意第三人来说，是非常重要和必要，是一种了解该商标许可状况，保障交易安全、维护交易秩序的有效手段。
“商标使用许可未经备案不得对抗善意第三人。”不得对抗善意第三人是指在先订立未经备案的商标许可使用合同的效力，不得对抗善意第三人与商标注册人之间就该商标之后所订立合同的效力，善意第三人的合法权益可以得到法律的保护。