第三次修改《商标法》，注重保护在先使用人的权利，对２００１年的《商标法》原有的规定做了补充调整，在“申请商标注册不得损害他人现有的在先权利”的原则下，细化和丰富形成注册禁止、使用禁止、注册异议、宣告无效、反不正当等一系列完整的保护在先权利的体系，具体规定如下：
不予注册并禁止使用。“就相同或者类似商品申请注册的商标是复制、摹仿或者翻译他人未在中国注册的驰名商标，容易导致混淆的，不予注册并禁止使用。就不相同或者不相类似商品申请注册的商标是复制、摹仿或者翻译他人已经在中国注册的驰名商标，误导公众，致使该驰名商标注册人的利益可能受到损害的，不予注册并禁止使用。”（第十三条第二款、第三款）
禁止利用业务往来侵害。“就同一种商品或者类似商品申请注册的商标与他人在先使用的未注册商标相同或者近似，申请人与该他人具有前款规定以外的合同、业务往来关系或者其他关系而明知该他人商标存在，该他人提出异议的，不予注册。”（第十五条第二款）
先使用原则。“两个或者两个以上的商标注册申请人，在同一种商品或者类似商品上，以相同或者近似的商标申请注册的，初步审定并公告申请在先的商标；同一天申请的，初步审定并公告使用在先的商标，驳回其他人的申请，不予公告。”（第三十一条）禁止损害和不正当。“申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，也不得以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标。”（第三十二条）
注册异议申请。“对初步审定公告的商标，自公告之日起三个月内，在先权利人、利害关系人认为违反本法第十三条第二款和第三款、第十五条、第十六条第一款、第三十条、第三十一条、第三十二条规定的，或者任何人认为违反本法第十条、第十一条、第十二条规定的，可以向商标局提出异议。”（第三十三条）
宣告商标无效。“已经注册的商标，违反本法第十三条第二款和第三款、第十五条、第十六条第一款、第三十条、第三十一条、第三十二条规定的，自商标注册之日起五年内，在先权利人或者利害关系人可以请求商标评审委员会宣告该注册商标无效。对恶意注册的，驰名商标所有人不受五年的时间限制。”（第四十五条）
反不正当竞争。“将他人注册商标、未注册驰名商标作为企业名称中的字号使用，误导公众，构成不正当竞争行为的，依照《中华人民共和国反不正当竞争法》处理。”（第五十八条）第三次修改《商标法》，对在先权制度做了补充完善，主要体现为：坚持诚实信用，禁止违反诚实信用原则行为；保护在先使用人的权利，明确规定，商标注册人申请商标注册前，他人已经在同一种商品或者类似商品上先于商标注册人使用与注册商标相同或者近似并有一定影响的商标的，注册商标专用权人无权禁止该使用人在原使用范围内继续使用该商标，但可以要求其附加适当区别标识；为禁止“傍名牌”，增加规定，将他人注册商标、未注册驰名商标作为企业名称中的字号使用，误导公众，构成不正当竞争行为的，依照《中华人民共和国反不正当竞争法》处理；规定明确禁止抢注因业务往来等关系而明知他人已经在先使用的商标；规定商标注册人不能证明此前三年实际使用的，侵权人不承担赔偿责任。
第三次修改《商标法》，对具体制度的修改很好地兼顾到与其他相关法律的衔接，如注册中的先使用原则、注册异议制度、宣告无效制度、反不正当竞争等，除了与反不正当竞争法衔接外，还删去了“当事人不服工商行政管理部门的处理、处罚决定提起行政诉讼”的规定，因为这是可以依照《中华人民共和国行政诉讼法》的规定执行，《商标法》可以不再另做规定。