１.遵循保护在先权人利益的原则处理在后权与在先权的冲突
同一知识产权的客体既受商标法的保护，又受其他法律保护时，其权利产生的时间有先有后，受法律保护的范围有所不同。在先权和在后权的主体为同一主体时，就会产生对同一知识产权客体的双重或者多重保护问题；在先权和在后权的主体为不同主体时，就会产生知识产权的权利冲突问题。同为合法权利时，权利的冲突也表现为法律的交叉和重叠，权利保护就需要正确地适用法律，恰当地采取保护措施，以防超越“边界”伤害其他合法权利。
在先权与在后权发生冲突，在决定保护哪个权利而不保护哪个权利时，不是取决于取得权利的时间，而是取决于在后权利的取得有无实质上的法律依据（即在后权取得的合法来源和实质依据）。如果在后权的取得既有形式上的法律依据（登记或注册），又有实质上的法律依据，就要在特定的范围内既保护在先权又保护在后权。在后权的取得未侵犯他人的在先权的，该在后权的取得既有形式上的法律依据，又有实质上的法律依据，当在后权与在先权发生冲突时，先后两项权利都应给予保护，但必须是在特定的范围内分别给予保护。例如，作为合法在后权的商标权与合法在先权的著作权发生冲突时，既要在注册商标的使用范围内保护合法的在后商标权，又要在该注册商标的使用范围之外保护该合法的在先著作权。如果在后权的取得仅有形式上的法律依据，而没有实质上的法律依据，就只能保护在先权而不保护在后权。在后权的取得侵犯他人的在先权的，虽然该在后权的取得有形式上的法律依据，但没有实质上的法律依据，当在后权与在先权发生冲突时，只保护在先权，其在后权应予以撤销或否定。例如，企业的名称、字号、商号取之于在先商标（知名与否在所不问），尽管办理了企业名称工商登记，但未经过在先商标权人的许可和同意，就属于复制、摹仿或者翻译他人的商标，就构成仅有形式上的法律依据，而没有实质上的法律依据的情形，依法应予以撤销。
２.遵循保护在先权人利益的原则扩大法律适用的范围
在适用法律保护权利时，《商标法》为商标权设置了在先权利和未注册商标权的保护，《著作权法》《专利法》明确保护著作权、外观设计专利权，《反不正当竞争法》也为域名权、商号权（包括特定条件下的姓名权、名称权）、知名商品的特有名称权、装潢、包装权等权利提供兜底保护。对在先权的保护，不限于商标、著作、专利等法律，凡可纳入不正当行为范畴的，均可适用《反不正当竞争法》予以制裁。按照《反不正当竞争法》的规范，对侵害各种商标在先权利的不正当竞争行为，既可以实施行政监控和处置，也可以予以司法控制和制裁，同时予以双重规制，对受侵害人给予全面保护。因此，同一权利客体可能同时发生双重或多重法律保护时，实践中应遵循保护在先权人利益的原则，处理好正确适用法律与有效保护的关系。