1.马德里体系下商标国际注册制度的功能局限性
马德里体系下商标国际注册与专利国际申请一样，并不意味着此种程序会产生国际性商标权利，而只是在几个国家申请统一商标注册的程序。在TRIPS协定的谈判前期，马德里议定书就已签署，这对改善马德里协定下的商标国际注册制度，起到了很大的作用。在此情况下，包括马德里议定书在内的马德里体系，虽然可以有效的提高商标注册申请的效率，但是由于未能触及各国商标实体审查规则，商标能否获得注册仍有待于各申请注册国依据本国法律进行标准认定。而各申请注册国间商标注册实体标准差异仍然突出，因而该制度无法在确定商标注册权利获得与保护方面发挥更为有效的促进作用。
在经济全球化背景下，随着跨国商标注册申请程序的便捷，提高商标获得注册的确定性与授予权利的保障性成为跨国商标注册进行进一步协调的关键问题，这需要对各国的商标法实体规则进行协调。如前所述，与TRIPS协定几乎同时产生的商标法条约其初衷也是针对商标实体规则的协调统一，这说明马德里体系下商标国际注册制度功能的局限性，已经不能满足跨国商标注册进一步发展的需要。2. WIPO体制管理商标注册协调制度的局限性
值得注意的是，作为传统意义上管理商标注册条约的WIPO本身由于体制上的原因，也无法完全适应新形势下商标注册国际协调发展的需要。国际贸易的发展要求对跨国商标注册与保护规则进行进一步更新，而商标注册与保护规则的变化对各国利益具有不同的影响，使得各国对制定新的跨国商标注册协调保护规则存在严重分歧。WIPO成员众多，但是偏重维护发展中国家的基本利益，并且体制构建较为宽松，难以有效的调和发达国家与发展中国家的意见分歧（1987年，GAO(the United States General Accounting Office)曾分析指出，尽管WIPO是促进多边知识产权保护最重要的论坛，但是在加强国际知识产权方面未有巨大突破。一个主要原因就是美国拒绝考虑发展中希望采取能够更为灵活的知识产权保护政策的做法，但是其他发达国家则予以同意。），达成高标准的商标注册实体规则，同时WIPO也缺少防止和解决各成员间争端解决的有效和迅速的程序，导致义务的履行相对松弛。（1967年所形成的世界知识产权保护体从开始就是脆弱的，表现在:一是参加各公约或条约成员国参差不齐，二是有些公约形成较早，不能适应新的形式发展，三是缺乏有效的争端解决机制。王建平. TRIPS协定与中国知识产权法衔接研究［M］.成都:四川大学出版社，2006:12.）