拒绝注册制度实际上是从否定的角度对通过注册取得商标专有权的条件进行确定，也就是本章第一节中所述的成员承担商标注册义务的例外。本文所述的拒绝商标注册既包括因不符合注册条件而拒绝给予注册的情况，也包括虽然已经取得商标注册，但因法律规定的事由取消注册的情况。因商标注册涉及到各种利益，商标注册也会因多种理由而遭到拒绝。各国在商标注册所依据的拒绝理由上存在较大差异。巴黎公约与TRIPS协定中都包含了允许拒绝商标注册的理由及相应的纪律要求。
成员拒绝商标注册的权利范围
根据TRIPS协定，成员有权依据一定的理由拒绝商标注册。其中TRIPS协定第十五条第二款规定“第一款不得理解为阻止一成员以其他理由拒绝商标的注册，只要这些理由不背离巴黎公约(1967)的规定”。该款规定对确定成员拒绝商标注册的合法性至关重要。但是由于该款规定的非常简要，未明确表明成员拒绝商标注册的理由范围，因此在理论与司法实践中都出现了观点分歧。这种分歧在综合拨款案中得到集中体现。该案中欧共体提出，依据该款规定，成员只能在TRIPS协定与巴黎公约所明确规定的理由内拒绝商标注册。这些具体条款分别是TRIPS协定二十二条第三款、第二十三条第二款及二十四条第五款，以及巴黎公约第六条(2)、第六条之三以及第六条之五B。（United States–Section 211 Omnibus Appropriations Act of 1998，Report of the Panel，WT/DS176 /R，para8. 54）美国则认为TRIPS协定第十五条第二款并不要求拒绝的理由必须是巴黎公约明文规定的，只要这些理由符合巴黎公约即可。专家组与上诉机构最终也支持了美国的观点，即根据TRIPS协定第十五条第二款的含义，用以拒绝商标注册的“其他理由”不限于巴黎公约或TRIPS协定中明文规定的例外情况。（United States–Section 211 Omnibus Appropriations Act of 1998，Report of the Panel，WT/DS176 /R，para8. 70，United States–Section 211 Omnibus Appropriations Act of 1998，Report of the Appellate Body，WT/DS176 /AB /R，para 178）
在TRIPS协定下，成员在拒绝商标注册方面实际上保留有相当大的权利。成员可以依据TRIPS协定与巴黎公约明确授权的理由，也可以依据国内法的理由拒绝注册，只要此类理由不抵触巴黎公约义务。但是为防止成员滥用权利并对外国商标注册申请人提供必要的保护，TRIPS协定也为成员设定了某些纪律要求，此类义务主要体现于TRIPS协定中基本原则要求(如非歧视待遇原则)以及巴黎公约中包含的相关限制条款(如第六条之五A(1)同样注册义务)。