(一)外国商标在中国商标注册的基本原则
商标法第十七条规定了外国国民在中国申请商标注册的基本原则，即“应当按其所属国和中华人民共和国签订的协议或者共同参加的国际条约办理，或者按对等原则办理”。根据这一规定，外国国民在中国申请商标注册获得的待遇取决于其所属国与中国的国际法关系。如果外国国民所属国同中国都是TRIPS协定的成员，就应当按照TRIPS协定的要求办理。因此，对WTO成员国民，中国原则上应给予国民待遇与最惠国待遇，这符合TRIPS协定非歧视待遇原则的要求。
(二)商标注册的国民待遇
1. WTO成员国民在中国享有国民待遇
TRIPS协定要求所有成员都应当在商标注册方面，遵守国民待遇原则，WTO成员的国民在中国可以享受商标注册方面的国民待遇。另根据巴黎公约第三条是规定，非巴黎公约联盟国与WTO成员的国民，只要在中国申请商标注册的外国人或者外国企业，能够证明其在巴黎公约的任何一个成员国有住所或有真实有效的工商营业所，就应当给予其不低于中国国民待遇的保护。
2.国民待遇的例外
根据商标法第十八条的规定，外国人或者外国企业在中国申请商标注册办理其他商标事宜的，应当委托国家认可的具有商标代理资格的组织办理。早在中国加入WTO的入世谈判中，工作组一些成员就对此规定做法是否符合国民待遇表示关注。（参见前引中国加入世界贸易组法律文件工作组报告书第261段）但是中国商标法的这一规定并不抵触TRIPS协定国民待遇原则，因为TRIPS协定第三条第二款规定成员在行政程序方面采取委派代理人的做法属于国民待遇的合法例外。3.巴黎公约第六条之五A(1)“同样”注册问题
根据巴黎公约第六条之五A(1)的要求，中国应当对巴黎公约联盟国(加入TRIPS协定后扩展为WTO成员)国民在原属国已经获得的注册给予同样的接受注册并给予保护。该义务实际上是要求为外国国民提供超国民待遇义务，也就是不得以商标形式为理由拒绝商标注册，除非该商标违反了在先权利人的利益，或不具显著性特征，或违反了公共秩序。第三章所述的综合拨款法案也对这一项义务进行了明确。但是中国在对此问题缺乏重视，缺少相关的法律保障。
在实践中中国法院也审理了涉及此问题的案件。如2007年北京市高级人民法院审理的华盛顿苹果委员会诉国家工商管理总局商标评审委员会商标驳回复审行政纠纷一案中（该案案情具体可参见中华人民共和国北京市高级人民法院行政判决书(2007)高行政终字第108号，），上诉人所提出的上诉理由包括“中国作为巴黎公约的缔约国，对已经在原属国(美国)获得注册的商标，依照巴黎公约规定应当给予注册”。尽管法院以地名商标所具有的第二含义不够突出为由支持了被上诉人，但是判决理由中针对上诉人的原属国已注册商标的保护理由，认定“应当依据巴黎公约第六条规定，商标申请和注册由其本国法律决定”，这一认定显然是没有正确把握巴黎公约第六条之五A(1)与第六条的特殊关系，未意识到第六条之五A(1)“同样”注册义务要求构成第六条的例外。该案说明中国司法实践对第六条之五A(1)“同样”注册义务缺乏深入的了解。
(三)最惠国待遇问题
中国原商标法对商标申请主体的限制，曾导致马德里商标国际条约体系内国家的国民与该体系外国家国民在中国商标注册申请的待遇并不相同的情况，但根据TRIPS协定第五条规定的国民待遇最惠国待遇原则的例外，也不构成相对TRIPS协定义务的抵触。新商标法的修改完全消除了不同成员国国民之间的差别待遇，不存在抵触TRIPS协定的最惠国待遇的情况。