从2001年开始实行驰名商标司法认定以来,这种与行政认定并行的双轨制模式一直备受争议。驰名商标的司法认定直接催生了一项新的律师业务——代理认定驰名商标,只要在百度或者谷歌搜索栏中输入“驰名商标司法认定”,搜索结果前三位必然有风险代理驰名商标认定,不成功不收费的承诺和广告。驰名商标司法认定的权威性受到了广泛的质疑,其存在的主要问题有：
第一,各法院认定标准不一,导致当事人选择法院。由于中西部相对不发达地区的法院认定标准把握宽松,当事人,尤其是东部发达地区的企业倾向于选择中西部的法院作为涉及驰名商标认定的案件受理法院。
第二,上诉案件少,上级法院监督困难。从司法实践来看,驰名商标认定的案件涉案金额一般比较小,判决后上诉的很少,如果一审判决上有所疏漏,上级法院也很难介人监督审查。
第三,涉及虚假诉讼的可能大,法院难以审查真伪。为了选择法院,也为了驰名商标的顺利认定,很多当事人炮制虚假诉讼案件,法院即使怀疑当事人有制造虚假诉讼的可能,也很难审查。
第四,企业将个案效力的驰名商标认定当做荣誉宣传。很长一段时间各地政府均将驰名商标认定作为企业荣誉来对待,给予高额奖励,授予牌匾。如浙江省永康市、义乌市等地都曾有过对一个驰名商标给予100万元奖励的规定;湖北政府2009年9月还以每个50万元重奖2008年获得驰名商标认定的企业。企业更是不遗余力地在广告中宣传,完全脱离了驰名商标认定的本意。