商标许可合同备案是指商标注册人可以通过签订商标使用许可合同，许可他人使用其注册商标。许可人应当监督被许可人使用其注册商标的商品质量。被许可人应当保证使用该注册商标的商品质量。经许可使用他人注册商标的，必须在使用该注册商标的商品上标明被许可人的名称和商品产地。许可他人使用其注册商标的，许可人应当自商标使用许可合同签订之日起３个月内将合同副本报送商标局备案。提交申请后，一个月左右，商标局会发出《商标许可合同备案受理通知书》；三个月左右，商标许可合同备案完成，商标局发出《商标许可合同备案书》。
一、商标使用许可合同备案时间
许可他人使用注册商标的，许可人应当自商标使用许可合同签订之日起３个月内将合同副本报送商标局备案。报送备案时，许可人应提交《商标使用许可合同备案表》、商标使用许可合同副本、《商标注册证》复印件，并按照规定缴纳备案费。
二、商标使用许可合同备案效力
商标许可使用是商标权人实现商标财产权的重要途径之一，对于“商标许可使用合同”，我国《商标法》第四十三条、《商标法实施条例》第六十九条均明确要求许可人应履行“备案”手续，但却未涉及商标许可合同备案的法律效力问题。我国最高法院颁布并于２００２年１０月１６日施行的《关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》（以下简称《司法解释》）第１９条弥补了现有法律规定的不足，该条共有两款，即：
一是商标使用许可合同未经备案的，不影响该许可合同的效力，但当事人另有约定的除外。二是商标使用许可合同未在商标局备案的，不得对抗善意第三人。
三、商标许可备案的文件
根据《商标法》规定，商标许可报送商标局备案文件包括：
（１）填写《商标使用许可合同备案申请书》一份。无代理的，必须由许可人在申请书上加盖公章或签字；有代理的，许可人须在委托书上签字盖章。
（２）许可合同副本或是经过公证过的商标使用许可合同复印件一份。
（３）通过代理机构代理的，须附送一份《商标代理委托书》；申请人直接申请，未经代理的，需另外提交许可人证件复印件（包括营业执照或身份证）、经办人身份证复印件。（４）人用药品商标使用许可合同备案，应当同时附送被许可人取得的卫生行政管理部门的有效证明文件。
（５）卷烟、雪茄烟和有包装烟丝的商标使用许可合同备案，应当同实附送被许可人取得的国家烟草主管部门批准生产地有效证明文件，包括《烟草生产许可证》《烟草经营许可证》复印件。
（６）缴纳备案规费３００元。委托商标代理机构办理的，申请人应向商标代理机构缴纳备案规费和代理费，商标局收取的备案规费从该商标代理机构的预付款中扣除。
（７）合同文字为外文的应同时附送中文译本。
（８）许可使用商标的注册证复印件（这项不是必须的）。
同时办理通过一份合同许可一个被许可人使用多个商标的，许可人应当按照商标的数量报送《商标使用许可合同备案申请书》，但可以只报一份商标使用许可合同副本，在其他备案申请中可提交合同复印件，并标注许可合同副本原件所在的卷号。
同时办理通过一份合同许可多个被许可人使用一个商标的，许可人应当按照被许可人的数量报送《商标使用许可合同备案申请书》，但可以只报一份商标使用许可合同副本，在其他备案申请中提交合同复印件，并标注许可合同副本所在的卷号。
根据《商标法》规定，如不备案，许可人或者被许可人所在地工商行政管理机关将责令限期改正；拒不改正的，处以一万元以下的罚款，直至报请商标局撤销该注册商标。
四、商标使用许可合同备案程序
委托商标代理机构办理商标使用许可合同备案的，申请人可以自愿选择任何一家国家认可的商标代理机构办理。所有在商标局备案的商标代理机构都公布在“代理机构”一栏中。
申请人直接到商标注册大厅办理商标注册申请的，申请人可以按照以下步骤办理：
（１）准备申请书件。
（２）在商标注册大厅受理窗口提交申请书件。
（３）在打码窗口打收文条形码。
（４）在交费窗口缴纳备案规费。
（５）收取商标使用许可合同备案通知书。