驰名商标的认定程序因认定方式不同而有所差异。具体而言：
１．通过商标局或商标评审委员会认定驰名商标的程序
商标局、商标评审委员会成立驰名商标认定委员会，其成员包括商标局、商标评审委员会的局长、主任、副局长、副主任、巡视员、副巡视员，局长、主任为主任委员。商标局、商标评审委员会承办处依法进行驰名商标认定申请材料的受理、整理和审查工作；商标局局长办公会、商标评审委员会委务会依法进行驰名商标认定中的审定工作；驰名商标认定委员会依法进行驰名商标认定中的复审工作；国家工商行政管理总局局长办公会对驰名商标认定委员会拟认定的驰名商标予以核审。
当事人通过商标局认定方式以及通过商标评审委员会认定方式提出驰名商标保护请求的，商标局、商标评审委员会应当在《商标法》第三十五条、第三十七条、第四十五条规定的期限内及时作出处理。
企业需要通过商标局认定驰名商标，必须通过所在地省、自治区、直辖市工商行政管理局（以下简称省级工商局）报送有关材料，由各省级工商局将经过初审并签署意见的有关申请材料以邮寄方式及时报送国家工商总局商标局，最后，由国家工商总局商标局认定该商标是否驰名。
要通过商标评审委员会认定驰名商标，即当事人在商标不予注册复审案件和请求无效宣告案件中，如果认为他人已注册的商标违反《商标法》第十三条的规定，在请求裁定撤销该注册商标的同时，向商标评审委员会提交证明自己商标驰名的有关材料，由商标评审委员会认定自己的商标为驰名商标。
商标局、商标评审委员会在认定驰名商标时，应当综合考虑驰名商标的各项认定要素，但不以满足全部因素为前提。
商标局、商标评审委员会在认定驰名商标时，需要地方工商行政管理部门核实有关情况的，相关地方工商行政管理部门应当予以协助。
商标局、商标评审委员会应严格、准确、依法开展驰名商标认定工作，正确引导舆论宣传，促进驰名商标认定和保护制度的健康发展，支持帮助企业合理实施商标战略。商标局应指导各地工商行政管理部门在驰名商标认定申请工作中严格把关，确保申请材料内容真实、准确。２．通过工商行政管理部门认定驰名商标的程序
当事人请求工商行政管理部门查处商标违法行为的，工商行政管理部门应当对投诉材料予以核查，依照《工商行政管理机关行政处罚程序规定》的有关规定决定是否立案。决定立案的，工商行政管理部门应当对当事人提交的驰名商标保护请求及相关证据材料是否符合商标法及其实施条例和《驰名商标认定和保护规定》的相关规定进行初步核实和审查。经初步核查符合规定的，应当自立案之日起三十日内将驰名商标认定请示、案件材料副本一并报送上级工商行政管理部门。经审查不符合规定的，应当依照《工商行政管理机关行政处罚程序规定》的规定及时作出处理。
省（自治区、直辖市）工商行政管理部门应当对本辖区内市（地、州）级工商行政管理部门报送的驰名商标认定相关材料是否符合及其实施条例和《驰名商标认定和保护规定》的相关规定进行核实和审查。经核查符合规定的，应当自收到驰名商标认定相关材料之日起三十日内，将驰名商标认定请示、案件材料副本一并报送商标局。经审查不符合规定的，应当将有关材料退回原立案机关，由其依照《工商行政管理机关行政处罚程序规定》的规定及时作出处理。
商标局经对省（自治区、直辖市）工商行政管理部门报送的驰名商标认定相关材料进行审查，认定构成驰名商标的，应当向报送请示的省（自治区、直辖市）工商行政管理部门作出批复。
立案的工商行政管理部门应当自商标局作出认定批复后六十日内依法予以处理，并将行政处罚决定书抄报所在省（自治区、直辖市）工商行政管理部门。省（自治区、直辖市）工商行政管理部门应当自收到抄报的行政处罚决定书之日起三十日内将案件处理情况及行政处罚决定书副本报送商标局。
各级工商行政管理部门在商标注册和管理工作中应当加强对驰名商标的保护，维护权利人和消费者合法权益。商标违法行为涉嫌犯罪的，应当将案件及时移送司法机关。
３．通过人民法院认定驰名商标的程序
人民法院在审理商标纠纷案件中，根据当事人的请求和案件的具体情况，可以对涉及的注册商标是否驰名依法作出认定，具体程序依照民事诉讼法的相关规定办理。