《专利法》第六十条规定：“侵犯专利权的赔偿数额，按照权利人因被侵权所受到的损失或者侵权人因侵权所获得的利益确定；被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。”２００１年７月１日，最高人民法院印发了《关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》。在该规定中，最高人民法院规定了以下计算方法：
（１）以专利权人因侵权所受到的损失或以侵权人因侵权所获得的利益确定赔偿额；其一，权利人因被侵权所受到的损失可以根据专利权人的专利产品因侵权所造成销售量减少的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积计算。权利人销售量减少的总数难以确定的，侵权产品在市场上销售的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积可以视为权利人因被侵权所受到的损失。其二，侵权人因侵权所获得的利益可以根据该侵权产品在市场上销售的总数乘以每件侵权产品的合理利润所得之积计算。侵权人因侵权所获得的利益一般按照侵权人的营业利润计算，对于完全以侵权为业的侵权人，可以按照销售利润计算。
（２）参照专利许可使用费的１至３倍合理确定赔偿数额；该方法应用的前提是：被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定，且有专利许可使用费可以参照。
（３）根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节等因素，一般在人民币５０００元以上３０万元以下确定赔偿数额，最多不得超过人民币５０万元。该方法应用的前提是：被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定，且没有专利许可使用费可以参照或者专利许可使用费明显不合理。
除上述最基本的计算方式外，在司法实践中，还存在一些专利侵权赔偿数额的计算方式，根据最高法院知识产权审判的经验，司法实践中还有以下几种：（１）以权利通常、合理的转让费、使用费、等收益报酬作为标准进行赔偿。专利权的使用费、转让费等一般由当事人在合同中约定，即合同标准，以及同行业、同等水平的其他单位的使用费标准。这些标准一般是客观的，不会受到当事人之间纠纷因素的影响。
（２）以权利人被侵权产品在侵权期间销售额下降或减少的数额乘每件权利产品利润之积，作为赔偿额。
（３）以侵权人在侵权期间实施侵权行为所获扣除税收等合理成本的全部利润，作为赔偿额。
（４）以权利人每件权利产品合理的平均利润或该行业该产品的每件平均利润，与侵权人侵权产品数量之积作为赔偿数额。此种方法对侵权人经审计亏损或利润过少致使赔偿额过低的情形使用很有效。
（５）为调查和制止侵权行为而支出的合理费用，包括律师代理费、权利人为购买侵权商品（证据）的支出、为收集证据而作的证据保全公证费用、为审查证据购买的设备、消除侵权影响费（广告）、合理的差旅费等可计算在赔偿费用内。
（６）侵权行为人所获得的利润作为赔偿数额计算，在这种情况下，可视具体案情经营费用不作为合理成本扣除。