由序言部分和正文七大部分组成，共有73个条款。
第一部分:总则与基本原则;
第二部分:关于知识产权效力、范围和使用标准;
第三部分:知识产权的执法;
第四部分:知识产权的活动和维护及相关当事人之间的程序;
第五部分:争端的防止和解决;
第六部分:过渡安排;
第七部分:机构安排和最后条款。
1.序言
序言明确了世界贸易组织成员间缔结此协议的目的与宗旨在于:期望减少国际贸易中的扭曲与阻碍，并考虑到需要促进对知识产权的有效和充分保护，并保证实施知识产权的措施和程序本身不成为合法贸易的障碍。为此目的，需要制定有关下列问题的新的规则和纪律:
......认识到需要一个有关的原则、规则和激励的多边框架，以处理冒牌货的国际贸易问题;承认知识产权为私权;承认保护知识产权的国家制度中强调的保护公共利益的目的，包括发展和技术方面的目的;承认最不发达国家成员方在其国内的法律和条例的实施上享有最大限度灵活性的特殊要求;强调通过多边程序解决与贸易有关的知识产权争端，以缓解紧张局势的重要性。并希望在世界贸易组织、世界知识产权组织之间以及其他有关国际组织之间建立一种相互支持的关系。
2.《TRIPS协议》的目标
第7条规定:知识产权的保护和实施应当有助于促进技术革新以及技术转让和传播，有助于技术知识的创造者和使用者的互利，并在一定程度上有助于社会和经济福利，以及有助于权利义务的平衡。
上述规定表明，知识产权的承认和实施本身不是目的，而是要平衡各国的利益，即在该协定的限度内，界定一种平衡的保护制度，促进技术知识的生产者和使用者的互利，并促进社会和经济的福利。
3.基本原则
一般原则的重申:
其确立了保护知识产权的多项基本原则，其中在以往的知识产权国际条约中出现过，其重申的原则包括:
(1)国民待遇原则。此原则在《巴黎公约》中首次被提出，《TRIPS协议》再次强调，这是知识产权国际保护公约共同遵守的基本原则之一。
(2)保护公共秩序、社会公德、公共健康原则。
(3)对权利合理限制原则。
(4)权利的独立原则。
(5)专利、商标申请的优先权原则。在《巴黎公约》首次提出，《协定》再次重申。
(6)版权自动保护原则。在《伯尔尼公约》首次提出，《TRIPS协议》再次重申。特别原则的规定:
除了上述原则之外，《TRIPS协议》新提出的原则包括:
(1)最惠国待遇原则。规定最惠国待遇原则是《TRIPS协议》的创举。最惠国待遇原则是GATT的基石，首次被引入到知识产权保护中。这一原则要求各缔约国不应优待某一国家的国民而歧视其他国家的国民。
(2)透明度原则。这一原则是国民待遇和最惠国待遇的基础，其目的是防止缔约方之间出现歧视性行为，便于各方对相互保护知识产权的措施尽快了解，以便加强知识产权保护。
(3)对行政终局决定的司法审查和复审原则。《协定》明确对于知识产权有关程序的行政终局决定，均应接受司法或准司法当局的审查，或者有机会提交司法当局复审。
(4)争端解决原则。将关贸总协定关于解决争端的规范程序，直接引入解决知识产权争端。
4.知识产权范围
(1)版权及相关权。
(2)商标。
(3)地理标志。
(4)专利。
(5)集成电路布图设计。
(6)未披露信息。
(7)对限制性竞争行为的控制。《TRIPS协议》指出，与知识产权有关的某些妨碍竞争的许可证贸易活动或条件，可能对贸易产生消极影响，并可能阻碍技术的转让与传播的行为为限制性竞争行为。成员方可采取适当措施防止或控制限制性竞争行为，如强迫性的一揽子许可证。
5.知识产权的实施
《TRIPS协议》要求成员国应有合理的民事、行政、刑事程序解决知识产权保护问题，并规定了保护知识产权的临时措施和边境措施。与其他知识产权国际保护公约相比， 《TRIPS协议》非常详细地规定了对知识产权保护的具体措施，不仅涉及民事保护措施，还包括行政、刑事保护措施。为监督成员国有效对知识产权保护，还特别要求成员国应就保护知识产权的具体措施、有关保护知识产权的裁判文书等公开透明。
6.知识产权争端的解决
根据《TRIPS协议》第64条的规定，有关本协议内容的协商和争端解决适用GATT第22条和第23条的规定，以及根据这两条所订立的《关于争端解决的规则与程序的谅解》。可见，虽然知识产权争端的解决机制规定于不同的协议中，但其核心是《关于争端解决的规则与程序的谅解》所规定的一套详尽的规则与程序。
《关于争端解决的规则与程序的谅解》以及《TRIPS协议》第64条的规定，为知识产权国际保护创设了新的争端解决机制。就与贸易有关的知识产权争端解决而言，世界贸易组织并未建立一个特殊的争端解决机制，所谓知识产权国际保护新体制的争端解决机制，实质上是利用现存的WTO争端解决机制来解决有关知识产权的争端。