在知识产权的司法审判实践中，当知识产权人向人民法院提起侵权诉讼时，侵权诉讼中被告为了对抗侵权指控，一般都会迅速收集原告的知识产权瑕疵的有关证据。一方面为自己应对诉讼争取时间，另一方面力求从根本上打垮对手。
一、专利侵权诉讼中的抗辩
在专利侵权诉讼中，原告对被告（即专利权人和其利害关系人对被控侵权人）的侵权指控不一定全部成立。很多情况下，被告被指控的侵权行为并不能认定构成侵权，被告可以针对侵权起诉从多个方面进行抗辩。
１．针对原告诉讼主体资格的抗辩
原告与诉讼标的具有法律上的利害关系，是诉讼得以成立的前提。因此，专利侵权诉讼中首先应对原告的专利技术实施权限作审查。有权控制专利产品市场总量的权利人或根据许可合同获得诉讼权的被许可人，即自己实施专利技术时的专利权人、独占许可中的被许可人、排他许可中的被许可人和专利权人、普通许可中的专利权人，才有权提起专利侵权诉讼。原告不能证明其具备诉讼主体资格的，侵权指控应予驳回。
２．专利权的无效抗辩
专利侵权诉讼中，最常见的抗辩就是专利无效。专利权人拿着专利证书到法院打官司，法院假定凡是经过专利局审批、授予的专利，都符合专利法关于授予专利的要求，都是有效的专利。但是，专利的有效性只是一个假定，而不是绝对的。例如：在审查一项发明是不是具有新颖性的时候，专利局很难做到对国内外的所有有关出版物进行无一遗漏的检索。又如：按照我国专利法规定，对实用新型和外观设计专利申请，并不对其进行全面地实质性审查，只进行初步的形式上的审查。
基于这些原因，各国的专利法都允许公众对专利的有效性提出质疑，更允许被控侵权人在专利侵权诉讼中对专利的有效性提出挑战。只要被控侵权人能够证明原告的专利是无效的，他就不用承担专利侵权的法律责任。可见，专利法规定无效程序的目的在于，通过公众的监督，保证专利权的质量，维护公众的合法权利。
根据我国最高人民法院的有关规定，专利侵权诉讼可以向各省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院、各经济特区人民政府所在地的中级人民法院、以及经最高人民法院特批的计划单列城市的中级人民法院提起。但是，请求宣告专利权无效只能向中国专利局的专利复审委员会提出请求。
在我国，反诉专利权无效不是向法院直接提出，而是向专利局专利复审委员会提出。被告在用专利无效进行侵权抗辩时，法院是否对专利侵权诉讼中止审理往往事关重大。因为，无效程序启动后，往往时间很长，如果是发明专利，还可以经过行政诉讼程序，时间会更长。在这个期间，侵权诉讼如果中止审理，对专利权人很不利，被告可以趁机转产，或加紧侵权行为，给专利权人造成更大损失；如果侵权诉讼不中止审理，对被控侵权人又很不利，法院一旦作出侵权判决生效并执行后，万一专利被宣告无效，无效的决定对已生效并执行的判决又无溯及力，即使重新审理侵权纠纷，被告胜诉后，执行回转也很困难。因此，在实践中，这个矛盾十分突出。３．法定免责事由的抗辩
专利权是一种排他性的权利。没有经过专利权人的许可，任何人都不能擅自制造、使用或者销售专利产品，或者使用专利方法。但是，为了维护公众的利益和防止专利权人滥用专利权，各国专利法都规定，在某些特殊情况下，制造、使用或者销售专利产品、或者使用专利方法的行为不视为侵权行为，如专利权用尽原则、非故意行为、先用权原则、临时过境、实验性的使用及个人非营利的使用等几个方面。
我国《专利法》第６３条也规定了不视为侵犯专利权的四种情形，即权利用尽、先用权、临时过境和科研及实验目的的使用。
４．以诉讼时效为由的抗辩
诉讼时效，是指权利人在法定期间内不行使权利，就丧失了请求人民法院保护民事权益的权利的一种法律制度。在我国，保护公民和法人的民事权利是法院的一项重要任务。但是，权利的保护是有时间限制的，人民法院在法定诉讼时效期间内，对权利人的诉讼请求依法予以保护；对于超过了法定诉讼时效期限的诉讼请求，人民法院则不再予以保护。
我国专利法第６２条规定：“侵犯专利权的诉讼时效为２年，自专利权人或者利害关系人得知或者应当得知侵权行为之日起计算。”对于诉讼时效的起算日，各国专利法规定不尽相同。我国专利法规定是从专利权人或者利害关系人“得知”或者“应当得知”侵权行为之日起计算。
无论侵权行为的发生是一个时间点，还是一个延续的过程，对诉讼时效规定的适用都是一样的，即都是从专利权人或者利害关系人得知或应当得知侵权行为发生之日起２年的时间。过了这个时效期间，专利权人再就侵权行为提起诉讼，就不能得到法律的保护了。
诉讼时效届满后，如果专利权仍然有效，专利权人丧失的仅仅是损害赔偿请求权，并没有丧失要求侵权人停止侵权行为的禁止请求权。如果专利权人在时效期间届满后提起诉讼，要求侵权人赔偿损失并停止侵权行为，法院应该在查明时效期间届满的事实后，驳回赔偿损失的请求，同时责令侵权人停止侵权行为。
５．权利人滥用专利权的抗辩
专利权人的权利包括制止其他人制造、使用、许诺销售、销售或者进口专利产品，以及向其他人授予专利许可。但是专利权人的权利不是无限的，在某些情况下，被控侵权人可以以专利权人滥用专利权作为抗辩，来为自己开脱专利侵权的法律责任。如果法庭判定专利权人滥用专利权的话，尽管专利是有效的，而且专利侵权成立，专利权人也不能用这项专利来对抗被控侵权人。例如，专利权人把被许可人“不得以低于某个价格出售专利产品、不得生产和出售可以和专利产品竞争的其他产品”等，作为授予专利许可的条件。再如，甲在公开出售专利产品一年以后才申请专利，对专利局隐瞒了实情，甲获得专利以后明知道他的专利会被宣布无效，还对乙提起专利侵权诉讼。甲的这种行为违反了反垄断法中有关“以非法手段垄断市场”的规定，构成滥用专利，甲的专利也因为其在专利申请过程中的不正当行为而无效。滥用专利的另一种常见的情况是强行搭配。例如，专利权人甲拥有两项专利：一项是关于打火机的专利，一项是关于钥匙链的专利。乙有意从甲那里得到打火机的专利许可，但甲告诉乙，要想得到打火机专利的许可，乙必须先答应两个条件：一个是乙必须从甲那里买打火机要用的汽油，另一个是乙还必须同时从甲那里购买钥匙链专利的许可。在这种情况下，甲有足够的经济实力去影响打火机的市场，甲的这两个条件都构成了滥用专利。
６．专利申请过程中的欺骗行为
在许多国家，被控侵权人根据“专利权人以不正当手段获得专利”而提出抗辩，这一点在专利侵权诉讼中的地位很高。使用这一抗辩理由来为自己开脱专利侵权法律责任的被告，在诉讼中负有举证责任，他必须证明三点：
首先，专利权人或者他的专利律师、专利代理人，在专利申请过程中有隐瞒或者做假的行为。如对专利局隐瞒法定禁止申请专利的行为、对专利局隐瞒有关的现有技术文献、向专利局提交假的发明日期或假的实验数据等等。
其次，专利权人或者他的专利律师、专利代理人，在专利申请过程中有隐瞒或者做假的事实。这些事实对于专利审查员审批该专利是非常重要的，导致了专利权的授予。
第三，原告或者他的专利律师、专利代理人，必须有主观故意或过失，即这些人必须在主观上有过错，有意隐瞒或欺骗，或者存在严重的疏忽。
我国的专利法没有对这项抗辩做出规定。目前，国内的专利司法实践还没有出现这方面的案例。
７．自由公知技术
在我国的专利侵权诉讼中，被告用自由公知技术进行抗辩已不乏其例，且有越来越多的趋势。这个抗辩理由的出现，起先是在等同原则上的适用。在适用等同原则进行侵权判断时，等同物应当是指侵权物中替代专利权利要求中的技术特征，并非指整个侵权物将专利技术方案全部替换。
在我国的专利司法实践中，被告往往直接以自己实施的是自由公知技术或者原告申请专利并获得专利权的技术方案是自由公知技术，不应获得专利权为由作出抗辩。这一观点和抗辩理由得到了专利界许多人的支持。其法律依据是我国宪法第５１条的规定：“中华人民共和国公民在行使自由和权利的时候，不得损害国家的、社会的、集体的利益和其他公民的合法的自由和权利。”尽管制定宪法的时候还没有制定专利法，立法者当时可能没有考虑到宪法第５１条也可适用于专利侵权纠纷，但是宪法是国家的根本大法，其中确立的基本原则应当是毫无例外地普遍适用的。公民和单位显然有权利使用自由已有技术，这个权利不应当由于专利授权而受到损害。所以，此时应当将公众的利益放在优先考虑的地位。
可作为自由公知技术抗辩的技术应当具备一定的条件。这些条件是：①必须是可自由使用的公知技术；②必须是非组合而成的公知技术；③必须是极为近似或完全相同的公知技术。
８．合同抗辩
合同抗辩是由于从属权利和重复授权的存在。同一个技术方案或近似的技术方案，可能有两个或两个以上的专利权人，因而被告可以以“得到专利权人的许可”而进行抗辩。如果存在从属权利的情况，且原告拥有的是从属专利，但被告得到的是在先专利权人的许可，生产的又仅仅是在先专利产品，该产品没有包括从属专利的全部必要技术特征，那么，被告的抗辩就可以成立，其行为不构成对原告从属专利权的侵犯。
如果穷尽上述抗辩事由均不能成立时，被告还可以通过完善的赔偿数额的举证，以减轻自己的赔偿责任。二、商标权诉讼中的抗辩
１．原告商标是否注册的抗辩
我国商标法保护的是注册商标，没有注册的商标不受法律保护。因此，当受到原告侵权指控时，首先审查原告的商标是否注册。如果没有注册，侵权就不成立。当然，原告也可能以不正当竞争为由另行起诉，那就不是商标侵权的问题了。如果原告的商标虽然不是在我国的注册商标，但也会以驰名商标为由提起侵权指控，这时，要抗辩的就是针对原告的“驰名商标是否成立”来进行。
２．原告注册商标是否已经被注销的抗辩
根据《商标法》第４４条规定：“使用注册商标，有下列行为之一的，由商标局责令限期改正或者撤销其注册商标：（一）自行改变注册商标的；（二）自行改变注册商标的注册人名义、地址或者其他注册事项的；（三）自行转让注册商标的；（四）连续三年停止使用的。”第４６条规定：“注册商标被撤销的或者期满不再续展的，自撤销或者注销之日起一年内，商标局对与该商标相同或者近似的商标注册申请，不予核准。”这就意味着在这一年内，该商标应该视为非注册商标，不受法律的保护，因此，侵权指控也就不成了。
３．原告商标权与在先权利冲突抗辩
《商标法》第９条规定：“申请注册的商标，应当有显著特征，便于识别，并不得与他人在先取得的合法权利相冲突。”原告已经注册的商标的图案，是否是他人的在其申请前的已有著作权，如果他人合法的著作权在其申请商标之前，那么，该商标权的图案就已经侵犯了他人的合法著作权，因此，商标权就有瑕疵。
如果该图案的著作权人提出权利要求，就会导致注册商标权的无效。当然，如果原告和该图案的著作权人达成和解及许可使用协议，那么该商标权的瑕疵就被弥补。
另外，原告的注册商标是否是以不正当手段抢注他人的商标，也可以称为抗诉的一个重要理由。《商标法》第３１条指出：“申请商标注册不得损害他人现有的在先权利，也不得以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标。”
４．法定事由的免责抗辩
商标权也是一种排他性的权利。没有经过商标权人的许可，任何人都不能擅自制造、使用、销售或者许诺销售该注册商标及其商品。但是，为了维护公众的利益和防止商标权人滥用商标权，各国都对如合理使用、权利用尽和个人非营利等几个方面的使用予以免责。
５．针对商标的相似性的抗辩
主要是看被告的商标是否与原告的注册商标在图案、色彩、结构上的差异性，如果不是相同或相近，则不够成侵权。当然，如果对方的商标不是驰名商标，不是用在与原告注册商标登记的商品相同或者相似，也不够成侵权。
６．不知情侵权且提供商品的来源的免责抗辩
根据《商标法》第５６条规定：“销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得的并说明提供者的，不承担赔偿责任。”这一条的目的不在于抗辩是否侵权，而在于抗辩是否承担赔偿责任。在实践中也是一条“退而求其次”的无奈之举。
三、著作权诉讼中的抗辩
１．原告是否具有合法权利的抗辩
著作权是由著作的作者享有的，当事人能否证明自己的作者身份，将是一个很好的抗辩理由。如果不是作者的原告提出著作权侵权指控，那么就要通过职务作品或者委托作品的合同关系来证明原告的诉讼主体资格，如果不能证明或者证明不成立，那么侵权指控就不能成立。
２．原告著作权是否在保护期内的抗辩
由于公民作品的著作权保护期为作者有生之年加死后５０年，单位作品的著作权为发表后的５０年（如果５０年内没有发表的，不再保护），所以对于著作权侵权指控抗辩的重要一点就是著作权是否还在保护期内，否则侵权指控就不能成立。当然，对于一些永久性保护的作品则另当别论。
３．法定事由的免责抗辩
著作权也是一种排他性的权利。但是，在给予一个主体排他权利的时候，实际上是剥夺了其他人使用的权利。因此，为了维护公众的利益和防止著作权人滥用著作权，《著作权法》第２２条规定，在下列情况下使用作品，可以不经著作权人许可，不向其支付报酬，但应当指明作者姓名、作品名称，并且不得侵犯著作权人依照本法享有的其他权利。即为个人学习、研究或者欣赏，使用他人已经发表的作品；为介绍、评论某一作品或者说明某一问题，在作品中适当引用他人已经发表的作品；国家机关为执行公务在合理范围内使用已经发表的作品；对设置或者陈列在室外公共场所的艺术作品进行临摹、绘画、摄影、录像；将中国公民、法人或者其他组织已经发表的以汉语言文字创作的作品翻译成少数民族语言文字作品在国内出版发行；将已经发表的作品改成盲文出版等１２个方面。
四、商业秘密权诉讼中的抗辩
１．被告通过证明自己商业秘密获得的合法途经进行抗辩
商业秘密的主体是多个的，每一个人都可以通过合法途经获得相同的商业秘密。因此，当被控商业秘密侵权时，被告首先要证明自己使用的被控技术的合法来源。
一般地，商业秘密的合法来源包括：自行研制，合同委托研制，通过合同购买、许可、受让，受赠，他人泄漏以及逆向工程的研究。
如果是采取偷窃、敲诈、欺骗、不正当竞争（如将对方的技术人员高价买通）等非法方式得到的商业秘密，是不能受到法律保护的。
２．原告的商业秘密是否公知技术的抗辩
商业秘密是以当事人自我保密为前提的，其技术本身的特征并没有经过相关的法律程序认定。为此，实践中常有些原告，将自己用的比较顺手的技术当做商业秘密来保护，而实际上这项技术已经是同行业的公开的或者共有的技术。因此，原告的商业秘密是否具有与公有知识不同的特性，是判断其商业秘密成立与否的前提。原告如果不能证明，那么，其据此提出的诉讼侵权就不能成立。当然，商业秘密的技术水平高低，并不是评价商业秘密的前提条件，这一点在实践中也应该予以注意。
３．原告获得商业秘密途经的合法性抗辩
商业秘密虽然不需要经过严格的法律认定，但它却是权利人通过一定的时间、资金、智慧的投入而形成的有利于自己生产、经营的技术，或者是通过购买合同、逆向工程等合法方式受让得来的。如果是通过非法（如偷窃、骗取等）途径获得的商业秘密，那么原告指控他人的侵权诉讼是不能受到法律支持的。
４．权利人是否采取了适当的保密措施的抗辩
商业秘密是以其权利人通过有效的保密手段来体现其权利特征的。如果商业秘密权利人不能证明自己为该商业秘密采取的保密手段和支出，那么，其以商业秘密受到侵害为由所提出的诉讼，就不能得到法律的支持。
最后，被告如果不能完全否认商业秘密特别是技术秘密的侵权存在时，还可以通过把自己被控技术与原告的商业秘密进行等同性的比较，是否完全可以替代还是个别技术特征上的可以替代，从而尽量减少赔偿的责任。