（一）国际局
商标国际注册应由申请人（或代理人）直接向世界知识产权国际局提出申请。国际局是马德里协定的职能机构。其主要职能表现在以下几个方面：
１．办理商标国际注册。凡商标申请人申请商标国际注册，或商标所有人申请国际注册变更、续展，或变换代理人等其他有关事项，需经原属国或所有人国家主管机关上报国际局。国际局分不同情况办理上述事宜。涉及该国际注册的其他有关事项，如公告国际注册簿的登记也由国际局负责办理。
２．筹备马德里联盟大会的会议。
３．筹备有关条款的修订会议。
４．为马德里联盟大会以及专家委员会和工作小组提供秘书处。
（二）工作语言
《马德里协定》条款的实施所使用的工作语言规定为一种语言，即法语。《商标国际注册马德里协定实施细则》第７条第１款明确规定：“协定的执行，以法语为国际局的工作语言。”（三）商标国际注册簿
商标国际注册簿是由世界知识产权组织国际局专门为记载细则所规定的各项登记而设立的注册簿。它存放于国际局，以便能对各项登记及时进行记载。登记的内容主要包括：
１．商标国际注册。涉及申请人名义、地址，代理人名义、地址，申请国际注册的商标，商标原属国注册日期、注册号、商品和（或）服务名称及其所在的类别，原属国名称，指定保护的国家，国际注册申请号、日期、注册日期、注册号等。
２．商标国际注册的变更。
３．商标国际注册的续展。
４．指定保护的驳回。
５．商标的无效决定。
６．某些司法或行政裁定。
７．更正。
（四）付费
商标国际注册的付费统一用瑞士法郎支付。其基本费用标准为：基础注册费６５３瑞士法郎（彩色图样９０３瑞士法郎），每一被指定的缔约国的补充注册费７３瑞士法郎，超过３类以上每类商品或服务的附加费７３瑞士法郎。此外，按照规定还要交一笔国家规费。中国规定的商标国际注册国家规费为：注册申请，人民币每件２８０元，其他申请每件１５０元，翻译费每件３００元等。为方便企业的商标国际注册，国家商标局规定，国际注册费统一缴纳人民币，由中国银行按当日汇率结算。