因属自然风物，虽然许多农产品的生产在现代农业中逐步形成了大规模生产，但它与工业品依然呈现诸多差异。因此，农产品和工业品的商标价值也应当有所不同。２００８年之前，国内对农产品区域公用商标的价值评估理论模型及其方法研究尚无人涉及，但对农业商标价值评估的相关研究已有相关成果。
（１）MSQD评价法
该评价法在２００６年提出。其MSQD四类指标分别是农产品商标的市场占有力（M）、超值创利能力（S）、未来发展能力（Q）和质量安全能力（D）。其综合价值（P）用公式表示为：
P＝（M＋S＋Q）*D
四个指标的具体内容分别为：
１）市场占有能力指标（M）。包括某农业商标实现的销售收入、销售利润两部分。这是最基本的市场占有能力即市场竞争力的反映。因为市场占有份额即销售收入是前提指标，因此，M值主要通过农产品实现的销售收入等指标计算求得销售利润。
２）超值创利能力指标（S），包括某农业商标实现的销售利润、销售利润率，行业农业商标平均利润率，某农业商标的销售利润率差异、超额收益。所有相关因素都是表现一个农产品商标超过其他同行业商标的赢利能力。超值创利能力是商标价值的关键因素，如果市场占有率高但超值创利能力弱，商标价值不可能高。该超值收益指标主要通过利润率和销售收入指标来计算。
３）质量安全能力指标（Q），其收益由某农业商标的质量安全能力系数乘以销售利润得出。质量安全能力系数包括四个系列指标：农业商标产品的产业化评价系数、农业商标产品产地环境质量评价系数、农业商标产品肥料、农药、添加剂使用评价系数、农业商标产品加工、卫生、包装、运输、贮藏评价系数。由上述４个系列指标之和推算出农业商标的质量安全能力系数，然后乘以销售利润获得质量安全能力收益指标最终结果。４）未来发展能力指标（D），指农产品商标的未来收益指标，由影响市场的能力、生存力、市场竞争力、市场辐射力、行业趋势力、产品美誉度、商标知名度等７项指标综合构成，并将每项指标的倍数设为１～３。通过该７项指标之和可推算出商标的未来发展能力倍数。
按照数理模型P＝（M＋S＋Q）×D，将以上各个指标进行相加相乘即可得出农产品的商标价值。
该评估方法在考虑了市场占有力（M）、超值创利能力（S）、未来发展能力（Q）等与其他商标价值评估方法相对一致的指标的同时，根据农产品生产的特殊性，增加了质量安全能力（D），有其行业针对性，对于成熟且市场稳定的农产品商标，是一种较为有效的商标评估方法。但该评估方法的各项指标的数据采集存在着一定的限制和难度，且基本立足于一般的农产品产品商标形态，而对区域性公用商标的特点基本没有涉及。
（２）中国名牌农产品评价指标
２００６年，中国农产品推进委员会推出中国名牌农产品评选，其评价标准参照中国名牌的评价指标，以市场和质量评价为主，兼顾效益和发展评价。其中，市场评价以市场销售和出口两项指标反映消费者对产品的认可程度、产品在国际市场上的竞争力；质量评价考核产品的实物质量水平和质量保证能力，实物质量与国内国际同类产品先进水平做比较，质量保证能力反映质量管理的有效性；效益评价主要以生产成本费用率、总资产贡献率、实现利税三个指标评价经营业绩和管理水平；发展评价主要考核长期持续稳定发展的能力，包括技术开发投入水平、规模水平、生产技术及装备三个指标，评价产品创新、技术创新能力和市场拓展能力，但并不强调自主知识产权和核心技术等因素。上述两种农产品商标价值评估方法，以及模糊综合评估方法（主要指标设定为市场上最优等商标产品的价值、待评估商标产品的成本、成本加成利润等三个因子。商标评估值＝G×（F／１００）－C－P），商标强度乘数法（商标价值＝商标收益×商标强度乘数；商标收益＝（当年收益x３＋前第一年收益x２＋前第二年收益x１）／（３＋２＋１）；２５０y＝x２，x∈［０，５０］；（y－１０）２＝２x－１００，x∈（５０，１００］；其中，x为商标强度得分，y为商标强度乘数）都在一定程度上借鉴了国际上典型的商标资产、商标价值评估模型及其评估指标体系、计算方式，并兼顾了农产品商标特征，但依然是针对企业商标，而非农产品区域公用商标，且均没有开展软件化开发长期的评估应用。
但是，正如前述，由于农产品区域公用商标的特殊性及其商标价值影响力，借助国内外相关理论模型，充分针对农产品区域公用商标的特征，创建农产品区域公用商标的价值评估理论体系、进行商标评估，具有重要的理论价值和现实意义。