商标特许经营的过程中必须处理好商标定位的问题。首先是特许方自身的商标定位问题，也就是说，特许方要考虑商标产品是否拥有足够的生命力，是否能够在自己选定的客户群中产生广泛的影响，是否能够创造很好的利润，是否有超越对手的核心竞争力，等等。对商标的研究和认识是商标特许过程中很重要的环节。只有这个环节搞清楚了，进一步的工作才有现实意义，才能通过“双赢”方式真正把商标推广开来，占有更大量的市场和消费者，才能真正达到商标经营的目标。
商标特许经营要处理好加盟方的市场定位和特许权的市场定位问题。加盟方的市场定位包括对加盟商的商标经营能力认定、财务能力评价、管理能力评价以及目标商圈的研究。加盟方的目标商圈并不是一个地理概念，它是指加盟方目前所拥有的客户的特性，比如，公交枢纽商圈、地铁出口商圈或高校休闲区商圈等。特许权的市场定位主要研究的内容是目标发展区域、目标加盟人及其投资习惯和投资心理。特许权的市场定位，是把特许权看成商品，消费者即是投资加盟者。
在特许经营的过程中，还要加强商标建设和保护工作。对于受特许方来说，因为接受特许已经付出了一定的资金，他们肯定希望以最小的成本收回这个资金并获取更大限度的利益，同时也因为资金等方面的限制，他们基本上不会致力于特许商标的推广而更注重现实的盈利问题。这时候他们就很容易忽视特许商标本身的问题，而出现很多损害商标形象的事情。商标特许方一方面要继续加强商标建设，另一方面也要加强对受特许方的监察，保证商标在特许经营过程中不受到损害