知识产权制度可能通过各种途径影响创新，如通过强化知识产权所有者对创新成果的垄断性、促进技术贸易、促进创新成果的公开化等。其影响大小与知识产权制度的设计细节和方案，诸如新颖性、先进性、实用性等专利标准的规定以及影响知识产权排他性的法律制度和政策措施密切相关。当然，也与创新的性质密不可分。
知识产权最基本的作用是通过提高对发明等创新成果的独占性，促进研发创新活动。在古典式研究假设前提下，拟申请专利的发明与已有发明和在研的其他发明关联较少，不必考虑研发竞争，因而加强知识产权保护会促进研发活动，激励创新。近年来，创新性质呈现渐进型互补式趋势，强化保护并不必然促进创新。例如，渐进型创新中的后续发明是在前期发明基础上完成的，只有在前期发明专利到期后，才能开始。而知识产权保护范围的扩大，增加了后续发明对前者的依赖程度，后者必须得到前期发明专利持有人的许可，才可以使用其成果，这种保护带来的创新效率下降的情况与日俱增。加强知识产权保护力度，对前者有促进作用，对后者则没有促进作用。另一方面，当产品的商业化涉及多个专利和著作权时，在商业化过程中，需要与多位专利持有人谈判，增加了交易成本，加之持有人各方争夺利益，不仅导致许可价格提高，也为技术的商业化实施增加难度。在这种情况下，如何设计促进创新的知识产权制度至关重要，也是亟待攻关的研究课题之一。企业间解决渐进性互补式技术创新的方法主要是采用专利池和许可。但是，专利池也可能用于垄断或为进入市场设置壁垒等排除竞争的目的所使用。因此，必须针对专利池的具体问题，采取相应的政策措施。
1.技术知识的互补性与专利政策的效果
在一些产业的产品商业化阶段，需要在创新技术基础上，同时用到其他互补性创新技术，如果这些互补性创新技术受到知识产权保护，企业可以通过签订许可协议，通过市场机制将其他企业研发的创新成果内部化。在这种情况下，知识产权政策也可以促进企业进行研发投资。不过，随着技术间互补性和关联性的增强，在技术间互补性强的情形下，企业难以单独依靠自身开发的技术实施成果转化，获得收益。这样，知识产权政策对企业的创新激励效果可能下降。2.知识产权实用性标准与创新激励
实用性标准是授予专利的三个标准之一。在有些产业领域，科技进步不断推进研发创新速度。一项发明即使满足新颖性、先进性的标准，也可能因为不满足实用性标准而无法获得专利。许多创新成果本身没有商业利用价值，但是对后续研发有启迪作用。特别是在生物技术领域，实用性标准的重要性日益显现。降低实用性标准，可以促进有启发作用的发明取得专利，但是可能不利于下一阶段研发活动的推进。因此，降低实用性标准，不一定促进研发，特别是对中间阶段的研发成果;如果以较低的实用性标准承认专利，虽然可以促进研究工具等基础研究阶段的研发，但可能抑制后续的应用研究。存在两种情形适于授予专利:一是比照商业化收益，基础研发的费用较高，或者虽然基础研发的费用低，但是应用研究的费用较高;二是基础研究成果的溢出效应较大。
3.知识产权制度与竞争政策
在知识产权许可协议中，存在专利池与出现拒绝转让创新成果的情形，如何实现充分竞争，是亟需解决的问题。特别是在高科技产业，专利池中涵盖许多互补性专利，由哪些专利构成专利池，必须有充足的理由，特别是形成产业标准的专利池，其组成专利均有充分的理由。但是，为充分实现竞争，仍然需要有关部门对专利池中的专利内容加以审查指导，以免利用专利池妨碍竞争。一般来说，专利池中可以包括互补性专利，但是不应该包括替代性专利。对业已成为产业标准的专利池，必须保证任何人可以无差别地使用专利池中的专利。对个别拒绝转让专利的行为，可以不被认定为违反竞争，但是，如果专利拥有者实施不正当行为限制竞争，如不合理地中止交易、差别化定价、捆绑专利等，则应被认定为违反竞争法。
此外，如果知识产权是生产中不可或缺的创新技术，拒绝转让就属于妨碍竞争的行为。这种情形下，竞争带来的收益明显高于降低创新激励造成的损失。但是如果以促进竞争以外的理由，强制转让专利时，应当依据一定的规则。