在知识产权运用方面，日本针对大学、企业等微观主体的职能分别进行了规定，并对这些创新主体在知识产权战略中的作用进行了区分:大学重流转、企业重应用。强调大学等高科院所的技术转移功能，在高校建立知识产权管理部门，促进高校知识产权成果的转化、运用。与此对应，企业应战略性地运用知识产权，将知识产权融入经营活动之中，从而获得最大的收益，实现企业的最大价值，通过制定战略性的计划以在世界范围内获得和管理知识产权。日本在探索构建知识产权价值评估体系，增加知识产权信托和担保融资等具体运用形式，公示企业运用知识产权业绩情况，推进知识产权国际标准化，扶持中小企业运用知识产权等方面，取得了一定成效。
(1)日本知识产权运用情况
日本专利法第1条规定，该法的目的在于通过对发明的保护和运用，鼓励发明，促进产业发展。可见，专利的运用与保护同等重要。通过运用受到保护的专利等知识产权可以进行商业化转化，开发新产品和服务，获取利润;也可以通过直接转让知识产权获得收入，将这些收益重新用于研发投资，完成整个知识产权价值链的良性循环。随着日本知识产权创造和保护领域的体制机制的不断完善，如何利用未使用的专利成为实施日本知识产权战略的重大政策课题。
为促进中小企业的专利交易，日本专利局在全国范围举办专利博览会，并配备专利许可顾问，以供咨询。据专利局工业产权信息数据，到2008年3月为止，日本政府派出近千名专利授权顾问，帮助签订10 672份专利合约，2008年登记的专利权转让协议约5 000件，在过去十年中翻了一番。
由于看重知识产权价值，近年来，日本金融机构也积极参与知识产权运用活动。2004年日本“信托法”修订后，知识产权正式成为信托财产，目前已经出现了知识产权信托业务和以知识产权作为贷款抵押品的融资业务。至2008年3月，日本政策投资银行的知识产权融资项目达310件，金额为210亿日元。
知识产权交易也在逐渐增加，自2007年起，为促进对专利的运用和引进，日本在知识产权交易中，加强了对技术出让方利益的保护，同时也引进对抗制度，防止过度保护。尽管日本政府不断出台政策促进知识产权运用，但是绝大多数日本企业却并不认同。企业普遍认为知识产权只是为了保护企业自身利益而持有的，是防止竞争对手企业进入市场的一道屏障，并不认为专利本身可以做交易，原则上也不愿将自有专利授权给其他公司来赚取收入。在这方面，日本企业与美国企业有很大的区别。许多日本企业采取审慎态度的理由是:一，在专利流通过程中，如果管理不善，技术外泄，就等于作茧自缚;二，未使用的专利通常是企业在决定技术投资取向中失去竞争力的技术，企业也没有多余的人力资源和设施去运用它，这种专利形同白纸，是否还有使用价值也值得怀疑;第三，许多企业认为，即使在开放式创新条件下，如果企业本身没有强大的专利做后盾，也很难建立预想的合作关系，况且在他人的专利基础上开发业务，将导致风险过高，因此，普遍维护重要的技术只能依靠自己的研发能力。日本专利局对日本国内知识产权运用情况的调查结果显示，2007年日本企业持有专利110万件，企业自己采用的专利占40%，10%转让给其他企业，30%是用于防卫目的，剩下的20%为未使用专利，与此前的情况相当。没有使用的专利占比近一半，除去用于防卫目的的专利，还剩下22万件，占比近两成。因此，从总体上看，日本企业对于运用知识产权持消极态度。
(2)知识产权流转运用的重要性
当前，开放式创新日趋盛行，已经成为全球趋势，对知识产权的转让运用也已是无可避免的事实。以新药的案例最为典型。在制药行业，存在以下原因使开放式创新无可避免:一是许多企业面临资源枯竭问题，未来几年内，大量药品的专利过期，将减少药品生产企业的经营收入;二是各国普遍加强对药品的安全审查，延长了新药发明时间，推动新药的研发费用进一步增加，加大了研发中止的风险;三是研发的药物类型已经从简单的医药品发展为生物制药，后者很难在避开第三方专利的情况下进行。为研发新药，日本企业曾经耗资1万亿日元收购美国公司，还必须同时寻求与日本国内高校、拥有技术的企业建立合作伙伴关系。
除制药行业外，为应对全球气候变化等预计可能改变迄今为止的工业和社会结构的大型项目的实施也是如此。如电动汽车和使用IT技术的输电、配电网络———智能电网。目前，世界各地都在研发电动车，电动车所需的引擎和蓄电池需要用到传统的汽车行业以外的新技术。尽管汽车行业一直采用自主研发的技术，但是为提高创新速度，可能外包电池技术的研发业务。在互联网和IT行业，技术转让以技术模块化的形式进行，这种趋势已经进一步蔓延到汽车行业和生物技术领域。
(3)在知识产权运用问题上的争议
尽管围绕知识产权运用的情势正在发生变化，可是在日本企业内部，三个部门———知识产权部门、研发部门、生产部门的意见互相掣肘。生产部门因为担心实施技术转让，招致外部企业侵入，持反对意见;研发部门反对技术引进，研发部门由于雇用大量技术人员，因此主张依靠自身力量开发技术;知识产权部门忙于专利申请和签约，不轻易发表意见。因此，是否采取开放式创新方式、是否启动知识产权交易，需要企业高层管理人员加以判断和决策。鉴于欧美企业已经明确宣布采用开放式创新政策，如兆丰药业与宝洁公司共同实施的“联合研发”策略，IBM的“生态专利共享计划”等，有日本学者提出，许多传统企业对出让未使用的专利和开展专利许可持谨慎态度，可是考虑当前发展趋势，企业应该采取更积极的态度，加强促进知识产权交易和运用的相关措施。
(4)促进知识产权运用的对策措施
从日本政府角度看，与其让巨额研发投资产生22万件休眠专利，不如尽可能运用它们产生新的产品，没有企业希望将浪费投资在休眠专利上。专利的价值各不相同，公司每年获得的专利中，既有市场价值高、垄断性强的专利;也有弱于其他公司的专利。对于一个强有力的专利，企业会使用它。对于未纳入公司经营战略的弱专利，应当向其他企业开放，最大限度地发挥它的价值。企业要做到这一点，采用上面提到的自下而上的决策方式是不可行的，高层管理人员的决断至关重要。为此，需要政府使用各种宣传鼓励措施敦促企业高管下定决心。企业对技术转让后果的担心是有一定道理的。为解除企业后顾之忧，也需要政府参与支持，例如，参照美国的情况，对可能发生的纠纷进行理论分析，并商讨如何运用专利法制度加以保护。此外，技术交易市场和中介机构对于顺利开展专利转让或许可也是必不可少的，这也需要政府采取措施，降低交易成本。(5)知识产权运用中存在的其他问题
①关于环保技术的知识产权运用
在环保技术的知识产权运用上，亚洲国家希望在有偿原则的前提下，日本企业能够积极进行环保技术转让。目前，有日本知识产权协会等民间组织正在制定向发展中国家转让环保技术的推广计划。该计划提出，考虑到发展中国家的执行能力，在转让专利的同时，还需要提供包括技术诀窍、人才、设备在内的技术篮子，而该协会正在准备建立数据库，确定提供给发展中国家的环保技术篮子里的封装内容。这些项目的早日实施将对世界环境的改善作出贡献。从知识产权战略角度看，在海外推广日本先进的环保技术是有益的。首先，可以推动日本企业运用知识产权技术，并通过技术转让在海外寻找新的业务机会;其次，在环保技术领域的国际标准方面，日本企业也可以先行一步;第三，有助于打消发展中国家对知识产权制度保持的警惕感。当然整个过程中，还是需要日本政府积极参与、适当支持。
②中小企业的知识产权运用问题
较之大企业，日本中小企业在知识产权运用上，面临许多挑战。日本制造业中小企业大多拥有优良的技术技能，但是往往不关心专利和商标等知识产权问题。企业研发了创新技术，却不申请专利，如果在市场竞争中，遭遇资本实力雄厚、销售渠道多元化的企业，往往处于劣势。有的企业虽然获得专利，但是难以负担包括律师费在内的权利行使费用，在实践中的权益也很难得到保障。为了改善这种状况，日本学者提出政府应考虑减免有关知识产权申请和审查的基本费用。减免程度参考美国的体例;最好采取统一的、简化的、按程序操作的减免手续，不需要行政人员审查提交材料，更方便中小企业使用。
在反侵权措施方面，日本一些地方政府的做法是由商工会议所为其会员企业管理、运用知识产权，实施如以专利为标的办理银行信托、咨询银行的法律顾问等业务。针对侵犯中小企业知识产权的案例，日本学者建议由政府管理知识产权的相关机构对中小企业的知识产权进行统一管理，监督权利行使。对于侵权诉讼中的双重标准问题，建议在减轻中小企业负担的前提下，探讨必要的补救措施。
③关于“职务发明”相关规定的争议
对日本专利法第35条关于“职务发明”相关规定的争议，2000年前后，曾出现大量诉讼案，都是关于企业研究人员和在职人员要求企业给予其发明以合理赔偿的。典型案例是在蓝色发光二极管的诉讼中，一审判决企业支付发明者个人200亿日元。以此为契机，提出的修正案自2004年起沿用至今。在日本目前的职务发明诉讼中，旧的法律规定依然适用于条文修订前的发明。对于修改后的提案，日本企业给予的评价较低，理由包括诸如可预见性差、别无他例、诉讼带来管理风险等。日本企业认为第35条的存在对外国直接投资造成了负面影响，许多外国大型研究所如诺华制药、葛兰素史克、辉瑞、默克由此关闭了在日本的驻在机构，转向在上海和新加坡的科技园内设置分支机构。日本企业认为这些国家的规定比任由当事人之间协商的日本方式更具透明性。如中国专利法规定，对于职务发明专利，所有权原则上归企业，对发明的雇员个人给予合理数额的收入比例。日本学者指出，随着全球化进程的加快，知识产权制度应与国际接轨，挫伤企业积极性的制度不利于提高企业竞争力。