为何要保护知识产权?保护知识产权的理论基础在哪里?这些问题都不免要涉及到知识产权的正当性理论。这就是说，如果知识产权是正当的，那它们就是值得社会来保护的东西。
另外，知识产权保护的理论基础还涉及知识产权的自身特点及其保护程度。相对于其他传统的有形财产权，知识产权在各方面均有着众多的特殊之处，其中最为基本的特征即为知识产权客体(即知识产品)的无形性。知识产品的创造是个人的行为，但知识产权客体的无形性却使知识产权的取得大多需要经过国家公权力的法定授权程序(当然，有些知识产权类别，或者说某些知识产权类别在某些国家或地区是创作完成后自动产生的)，同时知识产权客体的无形性也使知识产权在取得后，在其存在和行使过程中更为容易受到侵犯。在这样的情况下，对知识产权的保护就存在现实的必要性，而从理论角度来看，知识产权的正当性主要表现在以下几个方面:
首先，从法哲学角度来看，根据洛克的自然权利理论，劳动是获得私人财产的重要途径以及劳动是人们获得私人财产权的合理性。洛克明确指出:其一，劳动归劳动者所有。每个人对他自己的人身享有一种所有权，因此每个人的身体所从事的劳动和他的双手所进行的工作，是正当地属于他的。所以只要他使任何东西脱离自然所提供的和那个东西所处的状态，他就已经掺进他的劳动，在这上面掺加他自己所有的某些东西，因而使它成为他的财产。其二，财产是一种物化的劳动。洛克认为，谁把橡树下拾得的橡实或树林的树上摘下的苹果果腹时，谁就确已把它们拨归己用。劳动使它们同公共的东西有所区别，劳动在万物之母的自然所已完成的作业上面加些东西，这样它们就成为他的私有权利了。推及到知识产权之上，智力成果是创造者的智力劳动，其成果当然应当由劳动者所享有。但是如何用法律手段对这种所有权进行保护呢?答案就是知识产权保护制度。通过知识产权保护合理地分配权利，达到既保护知识产权创造人充分利用自己的智力成果获得报酬的权利，又保护社会公众能够充分合理接触到知识，从而在前人知识的基础之上继续创造的权利。
其次，从法经济学角度来看，同样可以证明知识产权保护的正当性和合理性。首先，是考特、尤伦的公共产品理论。美国经济学家考特和尤伦在其经典著作《法和经济学》一书中系统地阐述了知识的公共产品问题:第一，知识产品的个人消费并不影响其他人的消费，无数个人可以共享某一公开的信息资源。如同一辆公共汽车，出资者与未出资者都在乘车，公共汽车公司必须为每个人提供便利。换言之，无形的知识产品以有形的载体形式公开，即可构成经济学意义上的“公用性”。第二，知识产品的生产是有代价的，但知识产品的传递费用相对较小，对于知识产品的生产者来说，难以通过出售知识产品来收回成本。一旦生产者将其知识产品出售给某个消费者，那个消费者就会变为原生产者的潜在竞争对手，或是其他消费者成为享用该知识产品的搭便车者。后者在知识产权领域即是无偿仿制或复制他人知识产品的情形。第三，知识产品的生产者很难控制知识创新的成果。如果创造者将其知识产品隐藏起来，那么他的创新活动就不会被承认，从而失去社会意义。如果创造者将知识产品公之于众，他对知识这一无形资源事实上又难以有效控制。在这种情况下，私人市场提供的公共产品(包括知识产品)数量可能小于最优值，即出现信息不足现象。第四，鉴于消费者对知识产品的需要，政府有必要在市场上进行干预，即采取特殊的公共政策，以增加所生产的信息数量。信息市场的政府干预表现在两个方面:一是政府自己提供知识产品，二是政府对私人生产知识产品给予补贴。后者的重要举措就是通过知识产权制度授予知识产品的生产者以独占权。在这个意义上说，著作权就是为了发给作者奖金而对读者征的税。考特和尤伦的公共产品理论，从公共产品与私人产权相互关系的角度，阐述了知识产权制度的社会功用在于解决公共性资源的搭便车问题，以保障生产者收回对知识产品所付出的投资;建立知识产权制度的经济动因在于对财产权的法律保护有其创造有效使用资源的诱因。正是农夫能够获得土地作物的财产权，才有诱因促使农夫支付并尽可能节约耕种土地所需要的成本;正是创造者能够取得无形财产的垄断权，才有诱因激励其在知识、信息的生产方面的投资。
最后，知识产权法可以被看成是一种调节知识产品创造者的个人利益与社会公众对知识产品合理分享的公共利益之间的平衡工具。耶林曾经将利益分为个人利益和社会利益等部分，促使利己主义和利他主义、个人利益和社会利益相结合，使它们之间保持平衡的手段和工具就是法律。知识产权是一种垄断私权与社会公权的混合，对知识产权的保护的重要特征为“知识是公开的，权利是垄断的”(摘录于吴汉东教授视频公开课)，因此必须对这两者的关系进行协调。否则，将产生一个悖论———没有足够的垄断就没有足够的发明产生出来;有了足够的垄断，发明又不会被充分地使用。这对于实现知识产权制度设置的最终目的，即实现整个人类社会文明的进步是没有益处的，因此，必须存在知识产权制度来调节社会公权与个人私权的矛盾。