依据我国《商标法》第53条的规定可知，侵犯注册商标专用权的纠纷，有三种解决方式，即协商、法院审判、请求工商行政管理部门查处。
(1)侵犯商标专用权行为纠纷的协商解决。侵犯注册商标专用权的纠纷是一种民事纠纷，可以由侵犯人与被侵犯人协商解决。这主要是由纠纷的基本性质决定的一种解决纠纷的方式。通过协商解决办法很多:他们可以通过协商达成立即停止使用的协议;可以通过协商达成赔偿的协议;可以通过协商达成赔礼道歉的协议;也可以通过协商达成使用许可协议等。这种协议完全是民事契约的性质，协议内容可以是单项也可以是多项。如果被侵权人的商标已经签订使用许可合同的，在解决侵权纠纷的协商过程中，商标注册人必须尊重遭受损害的被许可人的意思和利益。
(2)人民法院审判侵犯商标专用权纠纷案件。依据《最高人民法院法释(2002)》32号文第6条规定可知，因侵犯注册商标专用权行为提起的民事诉讼，由《商标法》第13条、第52条所规定侵权行为的实施地、侵权商品的储藏地或者查封扣押地、被告住所地人民法院管辖;所谓侵权商品的储藏地，是指大量的或者经常性储存、藏匿侵权商品所在地;查封扣押地，是指海关、工商行政机关依法查封、扣押侵权商品所在地。若对涉及不同侵权行为实施地的多个被告提起的共同诉讼，原告可以选择其中一个被告的侵权行为实施地人民法院管辖;仅对其中某一个被告提起的诉讼，该被告侵权行为实施地的人民法院有权管辖。人民法院可以判决侵权人承担停止侵害、排除危险、赔偿损失、消除影响等民事责任，还可以做出罚款，收缴侵权商品、伪造的商标标识和专门用于生产侵权商品的材料、工具、设备等财务的民事制裁决定。罚款数额可以参照《商标法实施条例》的有关规定确定。
(3)工商行政管理部门对侵犯商标专用权行为的查处。对商标侵权纠纷，双方当事人不愿协商或者协商不成，可以请求工商行政管理部门处理。需要说明的是，本条规定工商行政管理部门处理的商标侵权纠纷是应当事人请求，而不是一种主动行为。因为侵权纠纷属于民事纠纷，当事人不愿协商或协商不成的，应当依法通过司法程序解决，而不应由行政机关处理。本条规定当事人可以请求工商行政管理部门处理，主要是考虑行政保护与司法保护是我国对商标专用权实施实施保护的一个特色，行政处理具有程序简便、节约时间等优势，可以减少商标侵权是诉讼，方便当事人，对双方当事人是有利的。因此，本条规定应当事人的请求，工商行政管理部门具有处理权。至于发生商标侵权纠纷后是通过司法程序还是通过行政程序解决，完全由当事人自主决定。工商行政管理部门在应请求进行处理的时候认定侵权行为成立的，本条规定其具有以下职权:责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，可以处以罚款。