共同体的组织机构,是统一欧洲共同体立法执行机制,没有这种机构,也就无所谓共同体的立法。其主要机构有欧洲共同体委员会部长理事会法院和欧洲议会。共同体委员会是在各国政府指定的委员们指导下,由常设官员组成,其任务是执行共同体条约;部长理事会代表各成员国政府机构;法院是执行共同体法律的职能部门;欧洲议会由当选的各成员国人民代表组成,是顾问和监督机构。
在商标方面还设立共同体商标法院协调局行政委员会等职能部门来处理日常工作。共同体商标法院(以下称“共同体法院基本上是一个立宪法院,是“履行本条例赋予的职能”机构。按照欧洲共同体商标条例(以下称“商标条例”)第92条的规定,其管辖权有:侵权或侵权威胁的诉讼;虽未宣布为侵权但成员国法律认为应该提起的诉讼;注册商标权利来自第三方面的威胁;对宣布撤销或无效共同体离标的反诉。协调局作为共同体商标的一个机构,其功能具有法人资格。“应在每个成员国内享受该国法律赋予法人的最广泛的法律行为能力;特别是它可以取得或转让动产或不动产,可以作为法律诉讼一方当事人”;协调局由局长管理,其职能是确保协调局行使职责;向欧盟委员会提出修订本“商标条例”的意见;起草协调局的收支、执行预算和提交管理工作报告。行政委员会在协调局长领导下工作,主要职能是拟定聘任高级官员候选人名单,确定共同体商标可以开始申请的时间,向局长提出工作建议,向局长和欧盟委员会呈送信息建议书和提出咨询请求。“行政委员会由每一成员国的一名代表欧盟委员会的一名代表和他们的候补代表组成”,并从“委员中选举委员长和副委员长各一名”。其任期为3年,可以连任。