为适应入世和审判工作的需要，在不断探索审判规律和总结审判经验的基础上，通过深入调研和广泛公开征求意见，从２００１年以来最高人民法院共制定和修订了涉及专利、商标、著作权、植物新品种、集成电路布图设计、技术合同、不正当竞争、计算机网络域名、知识产权犯罪、诉前临时措施、知识产权财产保全、案件管辖和审理分工等方面的知识产权司法解释１８件，还通过各类批复等指导性文件明确了确认不侵权诉讼和特许经营合同纠纷的受理、管辖争议解决、专利侵权案件中止诉讼与侵权判定中的多余指定、商标近似和正当使用、驰名商标备案等问题，依法明确了知识产权保护的具体司法原则和标准，及时解决了一些较为突出的法律适用问题，完善了知识产权诉讼制度。
注重调研成为全国法院知识产权审判工作的重要特色。最高人民法院近年来陆续开展了知识产权刑法保护、专利侵权判定、完善知识产权司法保护机制、知识产权诉讼证据等专题的重点调研，北京、江苏、广东、浙江、上海、山东、四川、广西等地法院每年均能有重点地开展调研，取得了一大批有价值的调研成果，为研究解决不断出现的新情况新问题，及时制定司法解释和司法政策，确保司法原则和标准的统一，奠定了坚实的基础。
截止到２００６年底，全国各高级人民法院和许多中级人民法院以及具有知识产权民事案件管辖权的基层人民法院都设立了专门的知识产权审判庭，选配了一批政治素质较强、学历较高、审判经验较丰富的法官从事知识产权审判工作。最高人民法院的知识产权审判庭建立于１９９６年。据２００６年初的初步统计，全国法院单设知识产权庭１７２个，专设知识产权合议庭１４０个，共有知识产权法官１６６７人。注重对知识产权法官的专业审判知识和技能的培训，５年间，最高人民法院举办了８期共计有１０３５名法官参加的知识产权审判实务培训班，各高级人民法院也普遍举办了类似的培训班或专题研讨班，全国知识产权法官的司法水平和专业知识水平有了明显提高。各级人民法院还大力开展“规范司法行为，促进司法公正”专项整改活动，进行社会主义法治理念教育，知识产权审判活动进一步规范，审判作风进一步改进，司法能力进一步增强，知识产权法官队伍中涌现了以宋鱼水、牟乃桂等为典型代表的一大批辨法析理、胜败皆服、心系百姓、一心为民的好法官。截至２００６年底，全国各高级人民法院、各省会市中级人民法院和许多其他大城市中级人民法院以及个别基层人民法院均建立了专责知识产权审判的业务庭。