专利法、商标法、著作权法等知识产权法律对举证责任做了一些特殊的规定，比如专利法第五十七条第二款规定，因新产品制造方法发明专利引起的专利侵权诉讼，由制造同样产品的单位或者个人对其产品制造方法不同于专利方法承担举证责任。商标法第五十六条第三款规定，销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得的并说明提供者的，不承担赔偿责任。但停止侵权的责任仍然要承担，除非双方当事人另行就此达成协议。
著作权法第十一条第四款规定，如无相反证明在作品上署名的公民、法人或者其他组织为作者。该法第五十二条规定，复制品的出版者、制作者不能证明其出版、制作行为有合法授权的，复制品的发行者或者电影或者以类似摄制电影的方法创作的作品、计算机软件、录音录像制品的复制品的出租者不能证明其发行、出租的复制品有合法来源的，应当承担法律责任。
初看起来，这些法律条文都是民事责任方面的规定。但进一步研究起来，实际上这些规定都属于对举证责任的法律规定。是专门为知识产权诉讼中，当某种举证不能时，当事人就应当负担一定民事责任的特殊规定。对上述这类关于举证责任的特殊规定，人民法院应当严格执行。在知识产权案件审判中，遇到法律特殊规定的情形，应当适用知识产权法律特殊的规定，而不适用最高人民法院关于证据规则的一般规定。
１专利侵权涉及新产品方法的发明专利的举证责任倒置问题
这个问题的焦点主要集中在如何处理好证据公开质证与保护被告商业秘密的关系问题上。根据专利法第五十七条第二款规定，这类专利侵权案件就是要由被告提供其产品制造方法不同于专利方法的证明，这是被告的法定举证义务，应当严格执行。专利法该条款如此规定，是由于是否使用某种方法专利的证据很难提供，原告只要能证明被告生产的新产品与专利产品一样，举证责任就发生倒置，由被告证明其生产的产品的方法不同于原告的方法专利。这其中有专业技术内在的发展演变的逻辑。专利法的该项规定是知识产权举证责任倒置最典型的例子。
一些文章认为，知识产权的举证责任特点就是举证倒置，其实这是误解。知识产权诉讼的举证责任，首先是“谁主张，谁举证”的原则；只有在法律明确规定的情况下，才发生举证责任的倒置。即使在适用倒置的举证责任的规定时，举证责任倒置，也并不意味着权利人完全不承担举证责任。方法专利的专利权人也要首先在举证证明自己享有方法专利权，对方当事人制造了相同的产品后，举证责任才能发生倒置，由对方当事人就其使用的方法不同于专利方法承担举证责任。在举证责任倒置的情况下，除被控侵权人承认使用了专利方法外，无论其是否提出反驳，均不能免除其举证责任。
此外，在公开开庭、公开质证时，也要注意依法保护好被告的商业秘密。适用专利法的该条规定要把握好以下几个要点：
一是要在原告完成了应负的举证责任之后，才能实行举证责任倒置。专利法第五十七条第二款虽然规定专利侵权案件涉及新产品方法的发明专利实行举证责任倒置，但并不是说原告可以不负任何举证责任，除了我们在前边提到过的外，原告还要证明被告生产的产品与自己依照专利方法直接获得的产品属于同样的产品，同时还要说明依据自己的专利方法所直接获得的产品是一项新产品。如果原告不能证明这两点，或者被告能够举出相反的证据推翻原告的事实主张，被告就不承担提供自己产品制造方法的举证责任。
二是应当将被告提供的证明其产品制造方法的证据限定在必要的范围内，即以足以证明其产品制造方法与原告的专利方法不同为必要，而不是要求被告提供其产品的全部制造方法。例如，被告只要证明其产品制造方法的个别工艺步骤、化合物的个别组分等，与方法专利的某一必要技术特征不同也不等同，即为完成了举证责任。这样就可以在很大程度上起到保护被告商业秘密的作用。
三是被告根据法定举证责任倒置义务所提供的证明其产品制造方法的证据应当依法进行质证方能作为认定案件事实的根据，不能以所提供的证据涉及商业秘密而拒绝质证。既然要质证，当然也就要将证据提供给对方，否则就无法质证。
在司法实践中，有的不让原告接触被告的涉及商业秘密的证据，以致出现被告提供的证据的载体都有瑕疵，使得证据质证与保护被告商业秘密的关系失衡，专利法有关举证责任倒置的规定也因此而落空。当然，为了防止扩散被告的商业秘密，人民法院一定要严格依照民事诉讼法和本院司法解释规定的程序进行质证，并且可以根据具体案件采取相应的防范措施。
最高人民法院曾经对一起违反专利法关于方法专利举证责任倒置规定的案件，做出了发回重审的裁定，强调了专利法和司法解释有关举证责任的规定必须严格执行，不能以任何理由忽视诉讼程序上的公正，以避免出现错案。此案对我国专利诉讼起到一定的指导的作用。该案是一起涉外的纠纷案件，即美国伊莱利利公司与江苏豪森药业股份有限公司方法专利侵权纠纷上诉案。伊莱利利公司以一审法院违反民事诉讼法和专利法不进行开庭质证就将豪森公司提交的证据作为定案依据和其未尽到举证责任为由提出上诉。经审理，最高人民法院以一审法院采信未经双方当事人质证的证据，未能保障上诉人伊莱利利公司获得被上诉人豪森公司吉西他滨产品生产方法不同于专利方法的有关技术信息的正当诉讼权利，并以未经质证的证据作为委托技术鉴定的依据，违反了民事诉讼法关于证据应当经过庭审质证才能作为定案依据的规定，导致一审判决认定事实不清，证据不足，适用法律错误为理由，撤销一审判决，发回原审高级人民法院重审。最高人民法院在审判此案时，为了保护一审被告主张的商业秘密，采取了几项措施：一是不公开审理，不但排除了与当事人无关的公众的旁听，对当事人各方的参与庭审旁听的人员也进行了限制，只允许法定代表人和他的两名委托代理人，以及律师、必要的记录人员参与诉讼。同时允许各方当事人可以各聘请两名专家证人出庭，对案件涉及的专业技术问题进行说明。二是当庭发出命令，各方当事人不能就庭审所掌握的案件情况特别是对方提供质证的信息，进行披露、扩散和使用等未经授权的行为，否则应当属于故意侵权，应当承担更重的法律责任，甚至承担妨害诉讼的法律责任。三是就诉讼程序的进展，根据具体的诉讼请求逐渐扩大涉及当事人请求商业秘密的质证范围。尽管一审法院做了大量工作，但由于违反了民事诉讼法、专利法关于质证和举证责任倒置的规定，导致案件事实不清、证据不足，所以被裁定发回重审。
在研究这个案例的同时，我们也研究了美国专利诉讼所遇到的相关的一些问题。美国的专利诉讼高达百分之九十多最后的结果是达成庭外和解，没有多少是让法官最后开庭判决的。什么原因呢？主要的原因之一就是由美国专利诉讼结果的不可预见性和高昂的诉讼费用造成的。随着诉讼的进行，很多当事人都选择了庭外和解，认为这是非常理想的解决方式，同时也避免了因为开庭可能会把他们的一些涉及侵权的秘密更进一步地公开。
在保护专利秘密方面，美国法庭除了不公开审理外，法官还可以下达一些命令，如果当事人使用了当庭得到的这些材料，就要承担法律责任；同时还规定这些资料律师可以复印，可以带回去研究，但其所代表公司的法定代表人不能看，当然他们的律师配套制度很严也很规范。但是，在最后该案必须开庭判决的时候，所有的证据都要公开，否则就会审不清楚。在这个披露的过程中，也是由外围一层一层逐步向核心的内容渐次披露，如果在披露外围材料的时候，就已能和原告的专利对比作出判断，就没有必要再继续披露被告实质核心的内容。这个度要把握好。可以用种种方法去控制、去把握好这个过程、这个度，但不能因此而排除法律规定的当事人倒置的举证责任。
２商业秘密的举证责任是否倒置问题
商业秘密包括技术秘密，涉及这类客体的举证责任是否发生倒置，在司法实务界和学界都有不同的认识和观点。有的观点主张在侵犯商业秘密的纠纷案件中，要适用被控未经许可使用商业秘密的一方负倒置的举证原则，同专利领域的方法专利的举证责任相同。理由是被告使用商业秘密的事实很难为他人举证，而被告则很容易对自己使用的商业秘密特别是技术秘密举证。为了加强对商业秘密的保护，应当举证责任倒置。
此种主张忽略了专利与商业秘密的重大区别，忽略了举证责任倒置只能来源于法律的特殊规定。首先，专利的主体只能是一个，必须由有关国家机关授权。而一项商业秘密可以有不同的多个主体，并不需要授权取得。其次，对商业秘密的侵犯不在于是否对商业秘密使用、披漏等行为，而主要是是否以不正当的手段获取了商业秘密；反向工程取得的商业秘密被认为是合法取得，而在专利来说，制造、使用、销售、许诺销售某项专利等的行为都会被认为属于涉嫌侵犯该项专利权的行为。再次，新产品方法专利的举证责任倒置为专利法等法律所明文规定，而反不正当竞争法等对商业秘密的举证责任并没有相应规定。所以，商业秘密侵权诉讼的举证责任倒置，并没有法律依据，并且今后将此种举证责任进行立法的理由也不充足。
在涉嫌侵犯方法专利权的案件中，对被控侵犯的客体为发明专利的，如果原告举出基本证据后，被告以其商业秘密和担心其商业秘密被泄漏为由对抗的，对进行鉴定被告送检的材料应该进行质证，以保证证据材料和鉴定结果符合证据的“三性”。如果涉及的是实用新型专利，此类专利未经过实质审查，可靠程度较差，因而在商业秘密的披露程度上就应有一定的控制，应该防止二次泄密。
而在涉嫌侵犯商业秘密的案件中，原告是商业秘密的权利人，被告也说自己被控的技术方案或者其他信息属于商业秘密，在被告是否使用原告的商业秘密上，不能适用举证责任倒置，而还应当适用“谁主张，谁举证”的原则，原告的举证责任就重于被告———不但要证明自己享有权利，还要证明被告通过不正当的手段获取了或者使用了自己的商业秘密。
３出版者、制作者、发行者、出租者的举证责任
此处我们从举证责任的角度，对主体的责任作进一步的分析。
著作权法第五十二条规定，复制品的出版者、制作者不能证明其出版、制作有合法授权的，复制品的发行者或者电影作品或者以类似摄制电影的方法创作的作品、计算机软件、录音录像制品的复制品的出租者不能证明其发行、出租的复制品有合法来源的，应当承担法律责任。
出版、制作、出租等行为人对自己所经营的业务应当负有不侵犯他人著作权的比一般人更强的注意义务，应当保证经营中所涉及的复制品等的合法授权或者来源合法。如果在经营中出现了侵权行为、侵权复制品，他们应当对其所尽的注意义务如涉及的复制品有合法授权、合法来源等进行举证，举证不能的推定未尽到注意义务，虽然原始的侵权复制品并不是最初来源于这些行为人，但他们应当承担侵权的法律责任。
根据著作权法的这一规定，最高人民法院在著作权法司法解释第十九条规定，出版者、制作者应当对其出版、制作有合法授权承担举证责任，发行者、出租者应当对其发行或者出租的复制品有合法来源承担举证责任。举证不能的，依据著作权法第四十六条、第四十七条的相应规定承担法律责任。这一规定对遏制市场中涉及出版、制作等中间环节的盗版等侵犯著作权行为，具有重要意义。
４计算机软件复制品出版者、制作者的举证责任
《计算机软件保护条例》第二十八条规定，软件复制品的出版者、制作者不能证明其出版、制作有合法授权的，或者软件复制品的发行者、出租者不能证明其发行、出租的复制品有合法来源的，应当承担法律责任。该条规定的法源，来自我国著作权法第五十二条的规定。著作权法第五十二条规定，复制品的出版者、制作者不能证明其出版、制作有合法授权的，复制品的发行者或者电影作品或者以类似摄制电影的方法创作的作品、计算机软件、录音录像制品的复制品的出租者不能证明其发行、出租的复制品有合法来源的，应当承担法律责任。这条的内容我们在谈上个问题时提到过。
这些法律和法规规定内容的实质，都是事先为出版者、制作者、发行者、出租者等设置一定的法律义务。当这些义务未被履行时，这些行为主体就要承担一定的法律责任。这样就解决了在司法实践中长期存在的难题，即当行为人以不知所出版、发行等的作品为侵权品为理由抗辩时举证责任到底由谁来承担的问题。按照这些新的法律规定，当行为人所出版、制作的作品为侵权品时，行为人应当证明其出版制作的作品有合法授权或者合法来源，如果证明不能或者不实，就由出版者等行为人承担法律责任。这些规定无疑对保护著作权人的合法权益具有十分重要的意义。
总之，根据法律和司法解释的规定，当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据。在案件审判过程中，当事人是否已经尽到了举证责任，必须由法官根据法律和司法解释预设的举证责任规范，结合案件的实际情况作出具体确认。只有对举证责任是否已经履行作出准确的判断，才能保证案件事实清楚、适用法律正确。这就需要知识产权法官首先要熟练掌握法律、司法解释规定的举证责任规则，然后在吃透案情的基础上运用这些规则。
在依据法律和有关司法解释无法确定举证责任时，可以根据最高人民法院关于证据规定第七条的规定确定举证责任，即根据公平原则和诚实信用原则，综合当事人的举证能力确定举证责任。对于审理错综复杂的知识产权案件，适用证据规定第七条的意义也非常重要。对一些案件中特殊的待证事实，由于法律和司法解释对举证责任没有做具体规定，就应当根据公平原则、诚实信用原则，并考虑当事人举证能力的因素，综合确定举证责任的承担。