从以上介绍可以看出，在TRIPS环境下，对传统知识保护的讨论主要集中在TRIPS协定与《生物多样性公约》的关系问题上，即如何处理传统知识和基因材料被其原属社区或国家以外的人商业性使用(特别是被他人申请专利)的问题，以及如何确保TRIPS协定与《生物多样性公约》的相互支持关系。争论焦点在于如何在专利申请过程中落实对传统知识和基因资源的披露义务，WTO各成员对此提出了不同的解决方案，概况而言可分为四类：
将披露义务规定为TRIPS协定的义务。巴西、印度、玻利维亚、哥伦比亚、古巴、多米尼加、厄瓜多尔、秘鲁、泰国以及非洲集团和其他一些发展中国家主张修改TRIPS协定，要求专利申请人披露发明所使用的基因资源和传统知识的来源国，并举证证明已经获得事先知情同意并作出了正当、公平的利益分享。
通过世界知识产权组织披露。瑞士建议修改世界知识产权组织的《专利合作条约》，以便通过各国国内法要求发明人在申请专利时披露基因资源和传统知识的来源。如果申请人未满足此要求，将导致专利授权的延迟，如果申请人有欺诈意图，将导致专利无效。
在专利法之外设定披露的义务。欧盟主张对所有的专利申请是否符合披露要求进行审查，未满足披露要求将产生专利法之外的法律后果。
不设定国际性强制披露义务，而是通过国内法，包括合同来解决披露问题。美国认为，《生物多样性公约》关于基因资源利用和利益分享的目标可以通过国内法和合同安排来实现，即在国内法和合同中规定对基因资源或传统知识的商业性应用进行披露的义务。
2008年7月欧盟联合瑞士和巴西、中国、印度等发展中国家共同提出TN/C/W/52号提案，要求将在专利申请中披露传统知识和基因资源来源之议题、地理标志商标的多边注册议题及扩大保护议题三者同步进行谈判，把它们作为多哈回合一揽子谈判的一部分。这一提案将传统知识和地理标志商标议题挂钩，已得到108个国家的支持。此提案的出现表明多哈回合知识产权谈判格局发生重大变化，欧盟、瑞士等部分发达国家开始与发展中国家走向联合道路。但是反对这一提案的意见认为，上述三个议题中只有地理标志商标多边注册议题属于谈判议程，其他两个议题的谈判缺乏授权依据。
地理标志商标之所以和传统知识保护议题挂钩，原因有两方面：首先，在各种现有的知识产权制度中，地理标志商标被公认为比其他知识产权更适合保护传统知识。“在现有的知识产权范畴中，唯一可以直接用来保护传统知识的可能就是地理标志商标”。地理标志商标和传统知识具有许多共通之处，例如它们都是集体性权利，任何个人和组织都不能进行独占的控制或转让；地理标志商标和传统知识都可以永久存在；地理标志商标的保护范围与传统知识的范围重合等等。地理标志商标与传统知识在法理上的相似性是两者在多哈回合中成为挂钩议题的理论基础。其次，部分WTO成员在这两个议题上拥有共同利益是导致议题挂钩的经济利益基础。就地理标志商标谈判而言，欧盟更关注多边注册议题，发展中国家则关注扩大保护议题；就传统知识而言，虽然支持传统知识保护的主力是发展中国家，但欧盟也认为传统知识保护符合自身利益。欧盟为了在地理标志商标谈判中争取更多支持，提出地理标志商标与传统知识议题挂钩的建议；发展中国家也需要欧盟支持自己的利益诉求，赞同欧盟的倡议，双方通过议题挂钩形成了利益联盟。议题挂钩使谈判形势更加复杂，利益交错的成员固然可以相互妥协换取对方支持，但对两个议题都没有兴趣的成员会因担心利益受损不愿推动谈判。