早在１９９９年，原国家质量技术监督局就发布了《原产地域产品保护规定》，这是我国第一部专门规定地理标志商标制度的部门规章，此规章一度和２００１年修订后的《商标法》并存，形成了地理标志商标保护的两种并行模式。２００５年国家质量监督检验检疫总局颁布了《地理标志商标产品保护规定》，废止了《原产地域产品保护规定》。从内容上来看，《地理标志商标产品保护规定》和《原产地域产品保护规定》是一脉相承的，它沿袭了《原产地域产品保护规定》的基本框架，原先的原产地域产品保护体制实际上基本被沿承下来。
１．地理标志商标产品的定义和范围。《地理标志商标产品保护规定》采用了“地理标志商标产品”的用语，其第２条规定，所谓地理标志商标产品，是指“产自特定地域，所具有的质量、声誉或其他特性本质上取决于该产地的自然因素和人文因素，经审核批准以地理名称进行命名的产品”。从这一定义可以看出，地理标志商标产品仅限于“以地理名称命名的产品”，即直接地理标志商标，不包括非地理名称的间接地理标志商标，这是地理标志商标产品与《商标法》及ＴＲＩＰＳ协定地理标志商标概念的不同之处。地理标志商标产品包括两类：一类是来自本地区的种植、养殖产品；另一类是原材料全部来自本地区或部分来自其他地区，并在本地区按照特定工艺生产和加工的产品。
２．保护注册和使用注册程序。根据《地理标志商标产品保护规定》，国家质量监督检验总局是地理标志商标产品保护工作的主管部门，各地出入境检验检疫局和质量技术监督局依照职能开展地理标志商标产品保护工作。
地理标志商标产品的保护和使用都必须经过申请和注册，也就是说，凡是申请地理标志商标产品保护的，必须依照《地理标志商标产品保护规定》提出保护申请并经审核批准；任何单位和个人要使用获得注册的地理标志商标产品专用标志，也必须依照该规定提出使用申请并注册登记，这就是双重申请程序，即保护申请注册程序和使用申请注册程序。另外，不论保护申请还是使用申请都实行两级审查，即先由地方质检部门对申请进行初审，然后再由国家质检总局进行审查。这就形成了地理标志商标产品特有的“双重申请﹢两级审查”体制。