２００７年农业部发布的《农产品地理标志商标管理办法》是我国第二部专门规定地理标志商标保护制度的部门规章，它与《商标法》、《地理标志商标产品保护规定》三足鼎立，形成了我国地理标志商标保护制度的三套并行体系。为了配合《农产品地理标志商标管理办法》的实施，农业部在２００８年发布了《农产品地理标志商标登记程序》和《农产品地理标志商标使用规范》。
１．农产品地理标志商标的定义及适用范围。《农产品地理标志商标管理办法》第２条第２款规定：“本办法所称农产品地理标志商标，是指标示农产品来源于特定地域，产品品质和相关特征主要取决于自然生态环境和历史人文因素，并以地域名称冠名的特有农产品标志。”根据这一定义，农产品地理标志商标必须是直接地理标志商标，不包括非地名的间接地理标志商标，这一点与地理标志商标产品一致。另外该定义仅适用于农产品，即“来源于农业的初级产品，即在农业活动中获得的植物、动物、微生物及其产品”，不包括经过工业加工的产品。
２．农产品地理标志商标的登记程序。《农产品地理标志商标管理办法》第４条规定：“农业部负责全国农产品地理标志商标的登记工作，农业部农产品质量安全中心负责农产品地理标志商标登记的审查和专家评审工作。省级人民政府农业行政主管部门负责本行政区域内农产品地理标志商标登记申请的受理和初审工作。农业部设立的农产品地理标志商标登记专家评审委员会，负责专家评审。农产品地理标志商标登记专家评审委员会由种植业、畜牧业、渔业和农产品质量安全等方面的专家组成。”
关于登记申请人的条件，按照该办法第８条规定，农产品地理标志商标登记申请人为县级以上地方人民政府根据下列条件择优确定的农民专业合作经济组织、行业协会等组织：①具有监督和管理农产品地理标志商标及其产品的能力；②具有为地理标志商标农产品生产、加工、营销提供指导服务的能力；③具有独立承担民事责任的能力。
申请地理标志商标登记的农产品，应当符合下列条件：①称谓由地理区域名称和农产品通用名称构成；②产品有独特的品质特性或特定的生产方式；③产品品质和特色主要取决于独特的自然生态环境和人文历史因素；④产品有限定的生产区域范围；⑤产地环境、产品质量符合国家强制性技术规范要求。
申请人不能直接向农业部提交申请，必须先向省级人民政府农业行政主管部门提出登记申请，并提交下列申请材料：①登记申请书；②申请人资质证明；③产品典型特征特性描述和相应产品品质鉴定报告；④产地环境条件、生产技术规范和产品质量安全技术规范；⑤地域范围确定性文件和生产地域分布图；⑥产品实物样品或者样品图片；⑦其它必要的说明性或证明性材料。
省级人民政府农业行政主管部门自受理农产品地理标志商标登记申请之日起，应在４５个工作日内完成申请材料的初审和现场核查，并提出初审意见。符合条件的，将申请材料和初审意见报送农业部农产品质量安全中心；不符合条件的，应在提出初审意见之日起１０个工作日内将相关意见和建议通知申请人。
农业部农产品质量安全中心应当在收到申请材料和初审意见之日起２０个工作日内，对申请材料进行审查，提出审查意见，并组织专家评审。经专家评审通过的，由农业部农产品质量安全中心代表农业部对社会公示。
有关单位和个人有异议的，应当自公示截止日起２０日内向农业部农产品质量安全中心提出。公示无异议的，由农业部作出登记决定并公告，颁发《中华人民共和国农产品地理标志商标登记证书》，公布登记产品相关技术规范和标准。该登记证书长期有效。
农业部接受国外农产品地理标志商标的登记并提供保护，具体办法另行规定。到目前为止此具体办法尚未出台。
３．农产品地理标志商标的使用及监督保护。符合下列条件的单位和个人，可以向登记证书持有人申请使用农产品地理标志商标：①生产经营的农产品产自登记确定的地域范围；②已取得登记农产品相关的生产经营资质；③能够严格按照规定的质量技术规范组织开展生产经营活动；④具有地理标志商标农产品市场开发经营能力。
使用农产品地理标志商标，应当按照生产经营年度与登记证书持有人签订农产品地理标志商标使用协议，在协议中载明使用的数量、范围及相关的责任义务。农产品地理标志商标登记证书持有人不得向农产品地理标志商标使用人收取使用费。
农产品地理标志商标使用人享有以下权利：①可以在产品及其包装上使用农产品地理标志商标；②可以使用登记的农产品地理标志商标进行宣传和参加展览、展示及展销。
就农产品地理标志商标的监督保护而言，县级以上人民政府农业行政主管部门应加强农产品地理标志商标监督管理工作，定期对登记的地理标志商标农产品的地域范围、标志使用等进行监督检查。地理标志商标农产品的生产经营者，应当建立质量控制追溯体系。农产品地理标志商标登记证书持有人和标志使用人，对地理标志商标农产品的质量和信誉负责，任何单位和个人不得伪造、冒用农产品地理标志商标和登记证书。
农业部门的农产品地理标志商标保护体系和质检部门的地理标志商标产品保护制度有相似之处，但也存在一定差异。其相同之处在于，两者都是专门保护制度，且地理标志商标的登记或注册申请都是经由地方政府机关初审后上报至主管部门。其不同之处在于，地理标志商标产品的保护范围较广，不限于农产品，而农产品地理标志商标仅限于初级农产品。另外，地理标志商标产品获得注册后要进行使用必须由质检机关批准和注册，而农产品地理标志商标的使用则由登记证书持有人作出许可。