（１）首要原则是不得造成消费者误认和混淆。商标和地理标志都是商业标识，其首要功能是便于消费者鉴别商品的来源或质量，减少购物成本，这也符合信息经济学解决信息不对称问题的理论。因此商标和地理标志都不得对消费者具有误导性或欺诈性，这不仅是保护消费者权益的需要，也是维护正常市场秩序、保护经营者信誉的需要。不论是易与商标混淆的地理标志，还是易与地理标志混淆的商标，都应采取必要的措施予以规范。“东阿”与“东阿镇”商标、“东阿县”与“东阿镇”地理标志都属于易造成消费者误认的商业标识，允许它们并存，对消费者权益而言是有害的，对阿胶经营者而言，各自的商业信誉也会被混淆，不利于维护正常市场竞争秩序，应作必要的厘定和清理。
（２）互为补充，互相促进，维护法制统一的原则。商标制度和地理标志制度应是互相促进和补充的关系，不应各说各话，甚至互相牴牾，这是维护国家法制统一的基本要求。《地理标志产品保护规定》和《农产品地理标志管理办法》作为部门规章，其效力低于《商标法》，其条款不应违反《商标法》的规定。它们应注意保持和《商标法》的衔接，可以在《商标法》的基础上对地理标志保护作出完善和补充规定，以达到更好的保护效果。就阿胶而言，既然由于历史原因造成了近似商标分属不同企业，这种状况就不应在地理标志产品保护体系中再次出现。《地理标志产品保护规定》应注意补充和完善前法的问题和不足，使现有问题在新的制度框架内得到解决，而不应把问题再现甚至放大，制造新的矛盾。
（３）专门性原则和在先原则。所谓专门性原则是指，如果在相同或近似标记上同时存在商标权和地理标志，只要它们适用于不同商品或服务，一般不会发生混淆和冲突，可以并存；所谓在先原则是指时间在先者权利优先，对于构成相同标记的商标和地理标志，以注册成立时间先后确定其效力。就阿胶而言，专门性原则已无适用余地，但在先原则尚有可为。实际上在先原则是解决商标和地理标志冲突乃至商标之间、地理标志之间冲突最直接、最有效的方法，这一原则还使权利人对以何种权利形式保护其标记享有选择权。要落实在先原则，必须使商标和不同的地理标志保护体制相互承认在先权利，并在它们之间建立注册登记信息的交叉检索系统。