联合商标具有很强的利益相关性，这些利益的相互联系传递了一个信息：如果商标运用得当，可以达到双赢的效果，但如果运用不当，合作伙伴的一方或双方就可能会遭受恶果。此外，如果联合经营的一方落后于另外一方，那么另一方也会受到影响。联合商标有时还会存在以下的风险。
1.光晕效应
任何商业合作上的关系都要承担一定的风险，在特许经营企业实行联合商标战略，有时会产生光晕效应——知名商标与不知名商标联合时，后者会消失在前者的光晕中。对于不知名商标，如果与大公司联合，虽然可以增加销售收入，但是由于缺乏自己商标的独特性，商标建设将会停滞不前。
2.商标退化
在某些情况下，联合商标会导致商标所有者失去使用商标的专有权。联合商标把不同商标的符号和商标进行组合，可能会危及双方商标的独特性。因为商标在定义上是和一个业主独占的商品或服务有关，并指明了同一个贸易来源。当这个标志不再具有“出处标志”的功能，它可能会变成不受商标注册保护的通用名词。这时竞争者就可能会趁机而入，申请取消已经注册的商标或者据为己用。
3.扩张过度
在实现联合商标的进程中，联合双方都应当考虑：同自己联合的企业的商业领域是否适合自己，联合后能否让消费者对新的产品或服务做出正面的反应，能否给他们带来一些有价值的利益。然而，很多企业过度神化联合商标的力量，过度扩展商标的使用范围，导致本已成功的商标遭受重创。