(一)无效宣告请求审查决定的生效及公告时间问题
《征求意见稿》第四十六条规定：“宣告专利权无效或者维持专利权的决定作出后，国务院专利行政部门应当及时予以登记和公告。该决定自公告之日起生效。”第六十条第五款规定：“宣告专利权无效或者维持专利权的决定生效后，管理专利工作的部门和人民法院应当根据该决定及时审理、处理专利侵权纠纷。”
上述规定将无效宣告请求审查决定的生效时间设定为决定作出并公告之日。由于目前专利法中并未明确决定的生效时间，在司法实践过程中，被控侵权人往往会在复审委作出审查决定后，又提起行政诉讼，由此影响民事诉讼进度。《征求意见稿》新增加的该项规定无疑会加快专利诉讼的进程，避免因审查决定进入行政诉讼程序而使民事诉讼久拖不决。但该规定存在以下问题：
1.由于专利复审委的审查决定并非最终确定专利效力的依据，该决定在行政诉讼过程中能否得到法院的支持存在不确定性。假设法院在审查决定公告后，即根据此审查决定对专利权人及被控侵权人的民事纠纷作出判决，但审查决定随后在行政诉讼过程中被撤销，则在该情况下，如何对待已作出的民事判决的效力？是通过再审予以撤销还是维持有效？特别是，专利复审委作出审查决定宣告专利无效，审理民事诉讼的法院以该审查决定为依据驳回专利权人的诉讼请求，而该审查决定在行政诉讼过程中被撤销，专利复审委随后又重新作出审查决定维持专利有效的，则此时专利权人对于生效的民事判决缺乏一个有效、及时的途径救济。这显然不利于专利权人的保护，也与修法指导思想相违背。
2.无效审查决定作出后立即公告，可能会出现同一专利反复公告多次的情况，使公告的公信力、稳定性大大减弱。
针对上述问题，笔者认为对该条款可作以下修改：
（1）进一步明确在行政诉讼过程中，专利复审委审查决定被撤销时，据此作出的民事判决效力及专利权人的救济方式等问题。建议可考虑根据无效审查决定的不同结果作不同处理：若专利无效审查决定维持专利有效，法院可据此立即就民事诉讼部分作出判决；若经行政诉讼最终确定专利无效的，则被控侵权人可通过审判监督程序处理。若专利无效审查决定认定专利无效，则法院中止审理民事诉讼，待确定专利效力后再进行民事判决。
（2）建议修改专利复审决定的公告时间，并根据不同情况，区分公告的时间。在专利复审决定作出后，若专利权人和无效宣告请求人没有在诉讼时效内提起行政诉讼，则在诉讼时效届满后立即公告；若提起行政诉讼的，则行政诉讼终审判决作出后再进行公告。
(二)专利管理部门对侵权行为的认定和执行问题
《征求意见稿》第六十条规定：“管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为、赔偿损失；当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉；侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。”
该规定赋予了专利管理部门责令侵权人赔偿损失的权力，一方面，这强化了行政管理职能，提高了处理专利侵权案件的效率。但另一方面，由专利管理部门申请法院强制执行，而法院执行过程可能旷日持久，大大加重行政部门的工作负担；且专利管理部门也并非赔偿对象的专利权人，若由其申请执行、代收执行款以及收到执行款后退还给专利权人，无疑会使执行过程复杂化。
笔者认为，对于专利管理部门作出的处理通知，可以由专利权人直接向法院申请执行，由法院将赔偿款直接支付给专利权人。这样既可简化执行过程、提高维权效率，也可减轻行政部门的负担。
(三)法院的调查取证义务及被控侵权人举证责任问题
《征求意见稿》第六十一条规定：“专利侵权诉讼中，对于由被控侵权人掌握的涉嫌侵权的产品以及账簿、资料等证据，人民法院应当根据原告或者其诉讼代理人的申请依法调查搜集。被控侵权人不提供或者转移、伪造、毁灭证据的，人民法院依法采取制止妨害民事诉讼的强制措施；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
对侵权造成的损失或被控侵权人获得的利益如何举证，是专利权人提起知识产权诉讼的难题。在司法实践中，多数法院均要求专利权人对该项内容进行举证。而该项证据一般难以取得，专利权人往往会申请法院调查取证，但由于现行诉讼制度下，调查取证是法院的“权力”，法院有权决定是否进行。因此，出于各种目的，法院极少介入调查，造成专利权人无法举证的困局。
而《征求意见稿》中，首次使用了“应当”调查搜集的字眼，这对于专利权人来说是一个福音。调查取证成为诉讼中法院的“职责”，大大减小了专利权人的举证难度。但该条款只提及了当被控侵权人不提供证据时法院可采取的强制措施以及规定了刑事责任条款，对于这种情况下被控侵权人须承担何种民事责任，并没有明确。因此，建议可进一步明确：当专利权人提供了初步证据证明其因侵权造成的损失或侵权人获得的利益时，举证责任应倒置，若被控侵权人不提供相反证据，法院应采信专利权人的证据，作出对被控侵权人不利的判决。
(四)行政部门的查处权及处罚数额问题
《征求意见稿》第六十条第三款规定：“对涉嫌扰乱市场秩序的专利侵权行为，管理专利工作的部门有权依法查处；在全国有重大影响的，由国务院专利行政部门组织查处。管理专利工作的部门认定侵权行为成立且扰乱市场秩序的，责令停止侵权行为，没收违法所得，并可没收、销毁侵权产品或者用于实施侵权行为的专用设备，并处违法所得四倍以下的罚款，没有违法所得或者违法所得难以计算的，可以处二十万元以下的罚款。”第六十三条规定：“假冒专利的，除依法承担民事责任外，由管理专利工作的部门责令改正并予公告，没收违法所得，可以并处违法所得四倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得难以计算的，可以处二十万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”第六十四条第二款规定：“被调查的当事人拒绝、阻挠管理专利工作的部门行使职权的，由管理专利工作的部门予以警告；情节严重的，依法给予治安管理处罚。”
笔者认为，上述规定存在以下问题：
1.第六十条第三款中规定专利管理部门“有权”查处涉嫌扰乱市场秩序的专利侵权行为。“有权”的表述并不妥当，容易成为行政部门选择性执法或怠于执法的借口。建议将“有权”修改为“应当”，进一步明确及加强专利管理部门的管理职责。
2.上述规定中，专利管理部门的罚款标准仍停留在二十万元以下。在经济高速发展的今天，该罚款数额根本不能起到震慑作用。
3.第六十四条第二款规定，专利管理部门有权给予治安管理处罚。该表述也欠妥当。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第二条规定，“扰乱公共秩序，妨害公共安全，侵犯人身权利、财产权利，妨害社会管理，具有社会危害性，依照《中华人民共和国刑法》的规定构成犯罪的，依法追究刑事责任；尚不够刑事处罚的，由公安机关依照本法给予治安管理处罚”，只有公安机关才具有治安处罚权，专利管理部门并无此权力。因此，专利管理部门只能移送公安机关进行处罚。
(五)关于惩罚性赔偿问题
《征求意见稿》第六十五条规定：“对于故意侵犯专利权的行为，管理专利工作的部门或者人民法院可以根据侵权行为的情节、规模、损害结果等因素，将根据前两款所确定的赔偿数额最高提高至三倍。”
现行专利法规定的侵权赔偿数额适用的是“填平原则”，即赔偿数额以专利权人的损失或被控侵权人的获利为最高标准。但由于知识产权的特殊性，其研发过程须投入大量的时间成本、人力成本，该部分成本的价值无法估量。而现行赔偿制度中，并未将研发成本纳入赔偿范围，所以，专利法规定的侵权赔偿数额根本不足以弥补专利权人的损失。
《征求意见稿》第一次提出了“惩罚性赔偿”制度，这是专利侵权赔偿制度的一次飞跃性进步。该规定大大增加了侵权人的成本，从根源上切断侵权人的利益驱动。但该规定中对于何为“故意侵权”并没有作出具体阐述，应予以进一步明晰。