首先，反向混淆损害了商标权人的合法权益，禁止商标反向混淆是对商标权人的保护，但目前仍有判决认定为不构成侵权。在商标反向混淆中，后使用人在使用商标时就已经是侵害了在先权利人的商标专有权，如果还不对其进行规制，就会使后使用者随意使用在先使用者的商标，那么商标取得制度就会失去其价值，破坏商标法的秩序和公平原则。例如，苹果公司与深圳唯冠的案件中，苹果公司在销售iPad前就已通过IP公司收购唯冠在全球的iPad商标，只是其在中国大陆的收购并未成功。也因此苹果公司后来在中国大陆销售iPad的行为构成对唯冠公司商标专用权的侵害，为此北京市工商行政管理局西城分局还曾下达4.8亿元的行政处罚只是后来并未执行。并且在法院诉讼中，苹果公司对iPad商标的使用也未得到合法性的认可，而是赔偿深圳唯冠6000万美元和解结案。
其次，在反向混淆案件中，法院对侵权后果认识不一，导致判决依据和判赔金额五花八门。正如“蓝色风暴”商标案件中，一审判决不构成侵权，二审改判构成侵权，并适用法定赔偿原则判决赔偿300万元。而在王美燕诉广东中凯文化发展有限公司侵犯“中凯”商标案件中，杭州中院一审判决赔偿30万元，浙江省高院二审认为被告没有给原告造成直接现实的损失，故改判为3万元。一审和二审法院鉴于对损害后果的不同认识，判决金额相差十倍。
事实上，在反向混淆中，商标权人的商标被混淆成侵权人的商标，不仅会造成商标权人直接的经济损失，更严重的是，会严重抑制商标权人的商标在未来拓展的空间，这种间接的影响，难以用金钱衡量，但又客观存在。