鉴于司法的目的和宗旨，法官应当按照现有法律的规定（在法无明确规定时依照法律原则和立法精神），参考主流理论学说，在具体案件中积极探寻准确的法律适用，以实现最优的司法效果，平衡和保护当事人的合法权益。按照证明责任的立法目的和价值追求，根据我国法律和司法解释的现行规定，基于知识产权侵权的特殊性，在知识产权侵权诉讼中应当遵循以下规则：
(一)以“谁主张、谁举证”为原则
作为成文法国家的法官，在审判过程中，对于法律存在明确规定的事项必须严格遵照适用。我国通说采用大陆法系的“法律要件分类说”作为证明责任分配的主要理论依据，《民事诉讼法》第六十四条和《民事证据规定》第二条都体现了该原则。
知识产权法从属于民法，知识产权侵权诉讼属于民事诉讼的一种。因此，在知识产权侵权诉讼中，理应将法律要件分类说作为分配证明责任的一般原则。根据该学说，在知识产权侵权诉讼中，如果法律没有明确的特别规定，法官一般应根据侵权行为和侵权责任的法律要件构成来分配证明责任（包括行为责任和结果责任），不得随意分配证明责任。
(二)严格依法适用证明责任倒置
《中华人民共和国专利法》（以下简称《专利法》）第六十一条规定：“专利侵权纠纷涉及新产品制造方法的发明专利的，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明。”《民事证据规定》第四条第一款第（一）项也规定：“因新产品制造方法发明专利引起的专利侵权诉讼，由制造同样产品的单位或者个人对其产品制造方法不同于专利方法承担举证责任。”《中华人民共和国商标法》（以下简称《商标法》）第六十四条第二款规定：“销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得并说明提供者的，不承担赔偿责任。”《中华人民共和国著作权法》（以下简称《著作权法》）第五十三条规定：“复制品的出版者、制作者不能证明其出版、制作行为有合法授权的，复制品的发行者或者电影作品或者以类似摄制电影的方法创作的作品、计算机软件、录音录像制品的复制品的出租者不能证明其发行、出租的复制品有合法来源的，应当承担法律责任。”在上述几类案件诉讼过程中，由法律规定的被控侵权人承担证明责任。除此以外，不得随意适用证明责任倒置规则，增加另一方当事人的证明责任。
(三)适时采用推定法则
由于知识产权侵权案件本身的特性，与侵权事实有关的侵权方式、侵权手段、销售金额、盈利状况等证据往往都掌握在侵权人手中。根据常理，此类证据往往对侵权人不利，因此侵权人不会主动向法院提供。根据《民事证据规定》第七十五条关于推定的规定，在权利人主张相关证据对被控侵权人不利，经法官释明后侵权人仍不提供的，可以推定权利人的主张成立。在审判实践中，与其他类型案件相比，知识产权侵权案件将有更多机会适用推定。
(四)法官适用衡平原则酌情分配证明责任
《民事证据规定》第七条确立的“衡平原则”赋予了法官分配证明责任的自由裁量权，在法律无明文规定的情况下，法官可根据公平原则分配当事人的证明责任。根据该条规定，法官在分配证明责任时应当综合考虑的因素主要有：当事人的诉讼机会是否平等、举证能力是否存在差异、诚实信用原则在民事诉讼中对当事人的约束、社会一般公平正义理念的要求以及公平原则在案件中的实现等。
对于知识产权侵权案件而言，由于案情的特殊性和复杂性，更需要法官在处理案件时，根据案件的具体情况和公平原则分配证明责任。但是，为了防止法官随意分配证明责任而产生的巨大风险，适用衡平原则时应当注意以下事项：
1.适用的前提必须是法律和司法解释对证明责任的分配没有明文规定。在相关法律已有明确规定的情况下，法官必须严格按照法律规定分配证明责任，不得违法随意分配。
2.在分配证明责任时需考虑当事人与证据的距离和举证的难易程度。拥有或容易获得证据的当事人，应就该事实存在与否承担证明责任，而远离证据的一方则不应承担证明责任。
3.在分配证明责任时需考虑盖然性的高低。法官在个案中对证明责任进行分配时，应当将证明责任分配给主张的待证事实盖然性较低的一方当事人。
4.在分配证明责任时需考虑对弱势方的保护。法官在审理具体案件分配证明责任时，应按照公平原则对弱势一方作适当倾斜和照顾。
(五)法院适当积极调查取证———对证明责任分配的补充
知识产权客体具有无形性和可复制性的特点，该特性决定了当事人收集证据的难度远远高于一般民事案件。知识产权内容的专业性和技术性，导致了证据收集的要求较高。知识产权法律状态的不稳定性，决定了证据收集要有特殊的程序保障。行政执法机关对知识产权纠纷的查处情况，在司法实践中是证据收集的重要来源，但此类证据当事人一般难以取得。以上种种特性导致了在知识产权侵权诉讼中，法院需要更多地依当事人申请或依职权调查取证。
1.依当事人申请调查取证
为保护当事人的合法权益，法官应当行使释明权，告知当事人有申请法院调查取证的权利。同时，由于很多知识产权侵权行为在进行诉讼前，行政执法机关已经作出了行政处理，而行政机关认定的情况和处理意见对于相关案件的审理往往有重要影响。因此，在当事人申请法院去行政机关调取证据时，法院应当采取积极的态度，一般应当同意。
2.依职权调查取证
在知识产权侵权诉讼中，由于知识产权纠纷技术含量高、侵权行为隐蔽性强，同时很多证据存于有关国家机关或行业协会、社会团体等，需要法院调查取证的事项往往较多。由于我国民事诉讼已经转变为当事人主义，法院和法官应当保持相对的中立，法院过多依职权主动调查取证，容易给当事人造成偏帮一方的印象。因此，法院通过行使释明权告知当事人有申请法院调查取证的权利，然后依申请调查取证为宜。但在当事人没有提出申请的情况下，为查明案件事实的需要，法院在必要时仍应依职权主动调查取证。
(六)适时调整证明标准
我国实行的是“高度盖然性”的证明标准，但对于证据所应使法官达到内心确信的具体程度，即“高度盖然”的具体含义则无明确规定。形象地说，60％ - 90％的可能性都可以称为高度盖然，这就需要法官根据案件的具体情况，灵活地确定证明责任。
与上文的分析相同，由于知识产权客体的无形性及侵权行为的隐蔽性等特点，在知识产权侵权诉讼中，权利人的举证比较困难。在很多案件中，即使权利人积极举证并申请法院调查取证，但由于案件自身的特性，相关证据的证明力往往不能达到较高的程度。在此情况下，根据公平原则，法官可以适当降低证明标准，以实现保护权利人合法权益的目的。而对于权利人提出的维权合理费用开支等主张，由于该项费用的认定直接影响最终判决确定的赔偿数额，而且相对而言更容易提供证据证明，因此可以适度提高证明标准，要求权利人提供充分的证据予以证实。