我国中央政府层面上主管知识产权事务的机构有七八家，如果加上主管专门业务的知识产权机构，那就更加繁杂。其中，国家知识产权局主管全国专利工作，负责对外协调各知识产权机构的关系。其下属专利局负责发明专利、实用新型、外观设计、集成电路布局的审查工作；工商行政管理总局负责反不正当竞争工作，而商标局则是《中华人民共和国商标法》明确的商标审查授权机构。林业局和农业部负责植物新品种的审查保护，其中林业局负责木本植物保护，农业部负责其他植物保护；负责版权工作的版权局设在管理新闻出版工作的新闻出版总署，同时下设版权保护中心，负责版权登记等工作；国家专利局负责保密专利基本活动。无论是上述政策的制定过程还是政策的实施过程，为了使政策能够顺利贯彻执行，都必须在行政组织内部不断进行协调和意见整合。承担综合协调功能的机构在整个行政系统的运行中处于至关重要的中枢地位。目前，我国有关知识产权管理的部门有中央级的七八个。对于知识产权或仅仅就工业产权保护来讲，这种机构设置都显得是不得力的，专利、商标、版权以及其他形式的知识产权保护在上述诸多部门之间能够达成一致，互相协调运转，比较困难。因此，面对专利国际保护的迅速发展，我们首先要从机构上建立统一、有力的知识产权综合协调的行政机关。目前，像外观设计和商标的冲突、版权和商标权的冲突、版权和外观设计的冲突都无法在一个统一的机构协调下加以解决，也为市场经济规范秩序的建立埋下了隐患。
从我国知识产权司法机构来看，我国知识产权司法程序较复杂。除知识产权行政机构如专利复审委员会、商标评审委员会外，关于知识产权侵权的民事诉讼由有关中级法院民事庭审理，而关于知识产权的确权诉讼又由行政庭审理。这使得程序复杂，降低了效率。
另外，机构的重叠和功能的复杂化所不利的主要是我国申请人。外国申请人以机构为主，规模大、经费充足，能够享受高水平的法律服务，特别是跨国公司，多数聘请专门的知识产权法律人士，负责申请、授权、诉讼工作。而我国的机构往往不具备这种条件，一是缺乏申请经费，二是缺乏专门知识产权人才，三是没有专门人员负责知识产权工作。要让它们弄懂各个机关的主管事务，并准确地、符合法律要求地申请有关知识产权更加困难。另外，随着我国国际贸易规模的增大，我国企业在知识产权领域必然出现自己的要求和利益，有效地整合我国企业的利益，进而在国际政治斗争中能准确地判断我国的整体利益，争取国际知识产权制度向有利于我国的方向上发展都需要一个精干、整齐、统一的行政机关。
同时，现存的各知识产权机构的效率也有待提高。知识产权的保护与其他财产权不同，一般需要通过国家责任机构以形式和实质审查的方式方能获得。而知识产权的主要意义是在一定时期内垄断市场。因此，知识产权的时间性十分重要。如果不能及时获得知识产权，在目前科技创新日新月异、市场竞争十分激烈的情况下，申请人往往还没等到责任机构的授权，其发明的技术就已经被淘汰了。简单地说，没有效率的审查机制不能真正起到激励作用。而从实际情况来看，我国的知识产权责任机构的效率整体上并不高。调查发现，多数跨国公司认为（60%）我国有关机构的效率一般或者效率较低。在对于专利审查速度要求并不高的跨国公司尚且认为如此，对于尚缺乏知识产权战略、往往急于得到专利和商标授权的国内公司，迟缓的审批和授权更是显得远水不解近渴了。
因此，加大对知识产权机构的投入，以信息化、电子政务和高素质人才队伍来提高知识产权审批效率是当务之急。以美国为例，美国专利商标局的人员总数已经在6 000名左右，预算经费为11亿美元，制定了《面向21世纪战略计划》，正在以无纸化申请和检索、以有竞争力的薪酬制度聘请人员等等措施不断提高审批效率和质量，以应对21世纪的挑战。