在日本，执行知识产权法律首先是司法部门的责任，对于大量的民事侵权纠纷案件，当事人通过诉讼由法院判决处理；对于侵犯知识产权的刑事犯罪案件，由警察侦破，检察官批捕，法院定罪量刑或处以罚金；政府行政部门则十分重视对知识产权法律的实施工作，由有关主管部门制定、执行一套科学的管理制度。
日本通产省负责专利、实用新型、外观设计、商标和不正当竞争防止等工业产权法律的实施管理工作。通产省下设机构庞大、设备先进的特许厅，负责发明、实用新型、外观设计和商标申请的受理、审查授权和批准工作。特许厅每年受理50多万件专利和商标申请，为了完成对申请的审查授权工作，五个审查部配备了1 265个审查员，申诉部有383名审理申诉的审查官（相当于我国的专利复审委员会和商标评审委员会的职责及其审查员），另有800多人负责受理、收费、流程管理工作。为了方便和加快申请的审查速度，保证发明专利申请在1~2年内授权，商标、实用新型和外观设计申请在8~12个月内授权，复审和无效申诉案件在一年内审结，特许厅正在推行“无纸计划”，即申请人利用电子邮件向特许厅提出申请，审查员利用计算机检索已有对比文件和审查是否应予授权；申诉部按照民事诉讼法的有关程序开庭审理有关申诉案件。通过加快审查速度，使发明创造较快地受到法律保护，从而促进了先进技术在日本的推广应用。特许厅数据库的大量信息，通过计算机网络向企业科研单位、代理机构等传送，促进先进技术的普及。特许厅还重视对专利技术应用情况的研究分析，注重向日本中、小型企业推广先进、实用的专利技术。
战后日本的发展，许多方面是通过改良技术来实现的，故20世纪80年代以前，日本申请实用新型专利的比较多，而20世纪80年代以后日本则越来越重视发明，以重大发明技术促进工业的发展。日本较早地采用专利制度对发明进行保护。专利申请是通过专利代理人向特许厅申请，以保障申请质量。日本的专利代理机构很多，仅大阪市就有十多家。日本的文部省负责管理著作权，计算机软件也成为著作权法保护的对象。对著作权的管理，除政府职能部门外，民间还成立了各种社团法人性质的协会，如计算机软件著作权保护协会、音乐著作权保护协会、艺能实演家团体，协议会、私自录音补偿金管理协会等。参加这些协会的会员是日本和外国的著作权企业法人、作家和艺术家，各协会以著作权法等为武器，保护其会员的知识产权，协助会员调查收集侵权证据，提供法律咨询服务，并参与侵权纠纷的解决，接受法院委托提供鉴定意见。
日本农林水产省负责实施种苗法。对植物新品种，培育者认为有经济价值，有必要获得知识产权保护的，可以提出申请。农林水产省对于申请保护的品种，除进行文件审查外，还进行实地调查或栽培实验，以确保新品种的质量和真实性。