合资合作企业已成为外国企业在中国的主要投资方式，但在许多合资合作协议中，合同和章程很少有关于企业知识产权内容的约定，给日后的经营活动带来许多隐患，具体表现在以下方面:
1.技术引进时未能做合理的知识产权评估
在合资合作企业成立时，外方经常以技术入股或技术转让给中方作为投资方式，对其中的知识产权并不作具体评估。有些外方企业开列的专利清单经后来检索发现只有1/3是在中国申请并仍然有效的，但因为当时没有发觉而支付了一大笔“学费”。也有的外方连专利清单也不列，只是告诉中方这项技术里有专利，有技术秘密，要收多少钱，中方因为手里没有多少谈判的筹码，或是因为知识产权的意识不强，糊里糊涂就签了协议。
2.外方只许可转让低层次的专利技术，不转让核心技术
外方为了避免投入过多产生风险，往往抛弃那种以股权控股的做法，转而采取在知识产权方面加以控制。由于合资合作企业中通常采用的是外方投入或许可使用的技术，其知识产权控制方式可能以小投入达到强力控制的目的。如外方在许可中方使用其专利技术时，往往只给中方低层次的技术，而涉及核心技术的，外方就要求中方购买具体的设备或配件，这样一来，中方既得不到核心的技术，又在生产上依赖外方的设备或配件。
3.中方原有商标在合资合作后被淡化
有些中国企业以商标作价入股创办合资企业，为了不违背公司法关于工业产权出资额只可低于注册资本额20%的限制或急于合资成功，就将中方商标低估作价或拱手相让，在合资过程中任由外方控制商标的使用权，外方仅在低档、老式产品上使用、甚至不用中方商标，而大力宣传外方商标，结果是中方商标逐渐被淡忘而退出市场，外方利用商标战略培育了自己的品牌。此外，企业将商标许可出去后，不注意监督被许可方的产品质量或被许可方对我方商标的使用情况，使我方商标名誉受损或我方得不到本应得到的报酬。
4.传统产业在引资过程中的技术失密事件
如“景泰蓝”技术以及“宣纸”技术，由于既没有对传统技术在国内申请专利保护，又没有在产品的主要出口国申请专利，同时在引资过程中没有做好商业秘密的保护措施，疏于防范而被外方掌握了关键技术，结果是外方抛开了中方而使中方丧失了优势的市场竞争地位。