支持企业发展自主知识产权能力，涉及财税政策、金融政策、科技政策、投资政策、知识产权政策等，涉及的部门包括财政部、税务部门、科技部、信息产业部、国家知识产权局、国家工商局及商标局、国家知识产权局、国家版权局、商务部、人民银行及各商业银行以及其他部委。如何协调这些政府部门的策略行为，保证政府行为的一贯性、连续性与有效性，不至于出现政策的相互矛盾、效果相互抵消或者执行中的“短板现象”?关键应该通过机构的完善来保证执行的有效性，并确保各种政策(反垄断、科学技术与创新、教育、贸易、财税等)的连贯性。具体建议:
首先，在国务院建立“自主创新与知识产权管理协调委员会”，其职责是贯彻国家创新与知识产权发展战略，协调各部门之间的关系，监督和控制各项支持政策的执行效果。知识产权战略目标不是保护弱者，而是激励创新，促进竞争。政府必须在鼓励创新和强化保护方面保持灵活的平衡。这需要政府能洞悉国际经济和法律，有战略远见和国际化思维。
其次，尽快实施国家知识产权战略。目前，国家各部委和地方政府已经完成了各产业部门和地区知识产权发展战略，国家知识产权局也已经完成了“国家知识产权发展战略”框架。而如何有效地贯彻执行国家知识产权战略则显得尤其重要。只有制度上的创新，才能保证知识产权战略的执行力。
最后，政府部门要加强自我学习能力，提高决策水平和执政能力。政策的制定者是有限理性的，这就要求其在制定政策过程中不断地加强学习，修正行为，从而持续提升自身的能力。这方面的主要政策主要有:
●每年颁布我国创新政策的年度报告，汇报、定性分析和展望我国的创新政策，利用创新指标体系对成员国的创新成绩进行定量比较，分析优势、劣势。
●对政府部门创新政策决策者的培训和支持，设计一系列的政策，帮助政治家、政府的高级官员、地方官员了解和学习创新理论，在公共部门传播创新理论，进行创新体系、政策的比较研究，监测和评估创新过程、成果的社会经济影响。
●行政程序的简化。官僚主义是创新活动的阻碍因素，比如，欧盟在简化行政程序方面的举措包括:在线申请措施，政府特别热线，一站式服务，简化的选拔、支付和供应程序等。