效率是经济学中所要研究的一个中心问题（也是唯一的中心问题）。在经济学家眼中，效率往往指的是经济效率。关于效率的定义，有学者认为，经济效率（或更准确地说是经济效益）……不是指劳动的效果和劳动力投入的量的比值，而是成本和收益之比。但也有学者认为，效益是成本与收益之比；而效率则是劳动的成果（收益）与劳动力（成本之部分）之比。两种定义中，前者混淆了效益和效率这两个基本概念，尤其是在我国经常把效率等同于提高速度、节约时间的普遍现象下，错误地将效率与效益等同将会给我国商标立法带来巨大的弊端。比如片面追求商标审查的高效率，尤其是片面追求审查速度快，若不能保证审查质量，将忽视对于商标在先使用人和在先权利人、利害关系人、消费者甚至是公共利益的保护，此种情形下，效率越高反而效益越低，越不能保证公平。因此，我们必须立足经济学的范畴来定义效率，即效率是指资源的有效配置所实现的帕累托最优状态。而商标法的效率，就是法律资源的有效配置问题，即通过立法，使法律资源配置效果最佳，能够很好地平衡商标权人、先用权人、消费者以及社会公共利益之间的关系，实现公平正义。
公平的本意是公正、合理，它是普遍的正义观念在不同领域的具体体现，在经济学领域中，“公平”通常是指“得其所得，得其应得”。事实上，“公平是一个历史的概念，在人类社会的不同发展阶段，在不同的社会历史条件下‘公平’有着不同的含义。”公平也涉及法律资源的合理配置问题，商标注册制度中公平的实质就是不同主体之间的利益分配问题。
效率与公平之间的关系是一个世界性的难题，学者对于二者关系的争论从未停止，甚至社会一度普遍认为效率与公平是此消彼长的关系，不可兼得。从我国分配制度的变迁中也可以看出，兼顾效率与公平的利益分配的确是一个两难选择，但同时我们应当看到，效率与公平并重应当成为现今资源配置的最新行动指南。在商标注册制度中，效率与公平固然存在矛盾，但立法者就是应当以最小的不公平换取最大的效率，或者以最小的低效率换取最大的公平，真正实现效率与公平之间的平衡。