一方面，作为集体或证明商标注册的地理标志，其地理标志权的保护程度无疑需符合我国商标法中商标权的定位。我国商标注册体系下的商标权是因商标注册而产生的专有权，其权利范畴限定在核准注册的商品或者服务上。在此意义上的商标权是相对的，因为商标权人一般只能在相同或者类似商品上排斥他人使用相同或者近似商标。但是驰名商标的存在在一定程度上扩张了商标权这种相对保护范畴①，因为其肯定了商标跨类保护的可能性。因此，商标法保护体系下的地理标志局限于和商标一致的保护，一是一般地理标志的保护建立在相同或者类似商品上禁止他人使用与地理标志相同或近似的且误导公众的标志上的保护，二是作为驰名商标的地理标志可以依据《商标法》第13 条第3 款的规定予以跨类保护，但没有认证为驰名商标的地理标志是难以赋予其跨类保护的。
另一方面，地理标志和商标分属不同的知识产权，对地理标志的保护程度和层次是否应该同商标的保护程度与层次一致，本身存疑。《商标法》第16 条对于地理标志的保护采用“使用地理标志的商品并非来源于该标志所标示的地区，误导公众”这一适用条件，强调对公众的“误导”。而在商标法体系下，一般商标的侵权以“混淆”为前提，狭义的“混淆”是指消费者对商品或者服务的来源企业发生错误认识，而广义的“混淆”还包括联想混淆，即消费者对商品或服务来源企业虽未产生错误认识，但认为企业之间存在一定的关联。无论是狭义的还是广义的“混淆”，均损害了商标识别来源这一主要功能。对“误导”概念的解释主要体现在驰名商标的保护要件上，《商标法》第13 条第3 款关于驰名商标的跨类保护以“误导公众，致使该驰名商标注册人的利益可能受到损害”为前提，最高人民法院2009 年公布实施《关于审理涉及驰名商标保护的民事纠纷案件应用法律若干问题的解释》，在其第9 条第2 款对此“误导”概念作出解释——“足以使相关公众认为被诉商标与驰名商标具有相当程度的联系，而减弱驰名商标的显著性、贬损驰名商标的市场声誉，或者不正当利用驰名商标的市场声誉的”，此解释前半句涉及一般商标侵权中的混淆要件(联想混淆)，但后半句无论是显著性减弱、市场声誉贬损还是关于市场声誉不正当利用的问题，无疑都超出了混淆的概念范畴②。虽然第9 条第2 款的前后半句在概念整合上还有进一步逻辑自洽的空间，但瑕不掩瑜，此款的文字表述已经清楚揭示了“误导”与“混淆”概念的明显区别③。因此，虽然地理标志在《商标法》中的保护以商标保护体系为基础，但立法者还是意图在通过《商标法》第16 条的“误导”而非“混淆”要件对地理标志保护与一般商标保护程度进行区隔。但随之而来的延伸问题又在于，第16 条中地理标志保护的“误导”要件与驰名商标保护的“误导”要件能否做统一解释?统一解释间接标示地理标志的保护程度同驰名商标一致。但如前所述，地理标志和商标分属不同的知识产权，对地理标志的保护程度和层次不仅应区别于一般商标，由于地理标志与驰名商标无论是在概念上还是认证程序等方面均有很大差别，对其的保护制度构建也应当有别于驰名商标。
上述困境表明，现行立法体系下各保护体系交叉重合，地理标志保护与商标保护界限模糊，地理标志强弱保护的程度难以界定，进而带来条款含义不确定、司法适用不统一等诸多问题。如何对现有规则进行完善，协调不同保护体系，最终形成系统化的地理标志保护制度，是我国地理标志保护立法的重点。