目前我国不仅拥有3套并行的地理标志保护立法，同时还存在地理标志集体商标和证明商标注册、地理标志产品保护审批以及农产品地理标志登记等3套重叠的地理标志授权确权制度。这3套地理标志授权确权制度，均有自身的优势，他们的建立和运行，目的无不都是为了弥补原有保护制度存在的缺陷，无不都是为了进一步加强对我国地理标志的有效保护，且事实上他们也都为我国地理标志的有效保护贡献出各自的力量。但同时，由于现行3套地理标志授权确权制度的各行其是、独立运行，特别是相互之间缺乏有效的沟通和协作，也导致实践中对地理标志的注册和保护的一些混乱和不协调，主要体现在：
首先，地理标志还存在重叠保护、注册和登记主体不一致等乱象。一方面，地理标志重叠保护现象严重。例如，目前大量地理标志同时在3套确权授权体系下作了注册和登记，包括“昭通苹果”“安溪铁观音”“安吉白茶”“凤冈锌硒茶”，等等。本研究曾以贵州省地理标志注册数据为样本观察，发现地理标志商标(包括集体商标和证明商标)与地理标志产品之间的重叠现象最为严重，其重叠数约占总重叠指数(即地理标志商标、地理标志产品和农产品地理标志三者相互之间的重叠总数)的二分之一。(48)另一方面，同一件地理标志，在不同保护体系下甚至还存在注册和登记主体不一致等问题。例如，“昭通苹果”地理标志证明商标注册人为“昭通市苹果产业促进协会”，而“昭通苹果”农产品地理标志登记证书持有者为“昭通市昭阳区农业环境保护监测站”，等等。地理标志授权确权制度设计的不统一和运行的不协调，及其所引发的地理标志重叠保护、注册和登记主体不一致等复杂问题，不仅破坏了国家法制的统一性，徒增制度运行的成本，同时也会增加权利的维护成本，导致行政资源的巨大浪费。
其次，地理标志商标确权存在程序缺陷。地理标志不仅被用来识别特定商品的地理来源，而且该商品还应具有可归因于产地环境的独特品质特色。因此可以说，商品品质是地理标志的生命。在法国、欧盟等国家和地区，之所以建立地理标志专门法保护制度，尤其是创设专门的授权确权制度，核心目的就是为了更好地确认和维护地理标志商品的独特品质特色。我国构建地理标志产品保护制度与农产品地理标志保护制度的主要目的，同样如此。但是，在我国现行商标法体系下，地理标志注册集体商标和证明商标的具体程序，与普通商标的注册是基本一致的。其中的不同之处仅在于，《集体商标、证明商标注册和管理办法》等对地理标志注册集体商标和证明商标的具体条件做了一些特殊规定。从实践层面来看，我国国家商标局对地理标志申请注册集体商标和证明商标的审查，完全停留在对申请人提供的书面材料的审核，地理标志商标注册并没有设置必要的技术审查程序。这就意味着，我国地理标志商标注册缺乏相关领域的技术专家对地理标志的真实性和可靠性进行严格把关。仅由商标局审查员进行“书面审查”，审查结果是否科学、客观，相关地理标志是否具备相应的保护条件，特别是商品是否真正具有可归因于地理来源的独特品质特性，产区范围划定是否符合实际等，是值得怀疑的。同时，地理标志商标获得注册以后，怎样去科学、合理地维系相关地理标志商品的独特品质特色，商标法律制度也还缺乏实操性规范和指引。