我国建立知识产权制度短短几十年，取得了可喜成绩，但也暴露出知识产权管理制度中存在的不少问题。
（一）立法滞后性依然存在
在立法方面，虽然我国先后于1982年、1984年和1990年颁布了《商标法》、《专利法》和《著作权法》，近年来也多次作了修订完善，并逐步配套制定了相关的法律法规，形成较为完善的知识产权保护法律体系。但随着世界科学技术的迅猛发展，知识产权领域新问题层出不穷，法律的滞后性日益凸显，难以很好地保护我国企业合法利益。同时，发达国家为了争夺国际市场，又不断通过各种途径扩大知识产权保护范围，推行产品技术标准化策略，限制我国产品进入国际市场，对我国企业参与国际市场竞争没置技术壁垒，严重影Ⅱ向了我国社会经济发展。面对严峻的国际经济局势，如何适应科学技术发展需要，发挥我国产业优势，制定有利于保护我国经济利益和有利于我国企业参与国际市场竞争的法律规范，值得我们立法者深思。
（二）统一管理和协调机制难以建立
在行政管理方面，由于历史原因，我国专利、商标、版权分属于不同的行政管理部门管理，三个知识产权管理机构各自为政，缺乏统一管理和协调机制，管理上难以形成合力。再者，目前全国各地知识产权执法队伍人员缺乏、素质偏低，执法财力不足，执法力度不够，而知识产权执法工作又分散在知识产权局、工商、科技、新闻出版、广播电视、海关等多部门，这种分散管理模式进一步加剧了这一现象。因此，如何整合管理机构，加大市场管理力度，尤其是加大对知识产权侵权行为的打击力度，加强执法，是我们政府必须面对的迫切需要解决的问题。
（三）知识产权法律保护意识没有形成
在知识产权法律意识方面，从目前情况看，政府部门、企事业单位、知识产权所有权人都存在着知识产权意识、信息资源意识和自我保护意识淡薄的现象。多数领导、企业负责人没有真正认识到知识产权制度在市场经济条件下对推动科技进步和社会发展的重大作用，没有意识到知识经济时代知识产权在世界经济一体化中所处的重要地位，没有发挥知识产权制度在技术创新与转化、应用与保护中的积极作用。甚至有些企业领导目光短浅、没有远见，担心支付专利费用而放弃专利申请与保护，只顾眼前利益，不注重品牌的市场培养。不重视企业知识产权管理机构的设置，致使企业面对市场上出现的新技术成果，无法及时作出反应，给企业带来经济损失。
（四）企业对知识产权价值认识不到位
多数企业都没有重视科研团队建设，企业研发能力差，自主创新技术少，无法形成行业生产优势。甚至有些企业对研发成果不申请专利保护，致使被他人盗用而无法主张权利；有些企业只申请中国专利，或中途放弃专利权，或不重视国际专利文献应用，不了解国际知识产权领域最新成果，重复研发造成资源浪费；有些国有企业在改制过程中，尤其与外资合作经营过程中，没有正确评估知识产权价值，包括长期使用的商标价值、专利价值等，导致国有资产流失严重；有些企业领导对专业技术不甚了解，在国际技术贸易活动中，盲目引进过期专利．导致企业经济损失；有些企业与员工签订劳动合同时没有约定商业秘密保护条款、技术人员服务期限等，致使技术人员流失严重，并带走企业核心技术秘密却无法合理要求索赔。