电子商务的发展使得一些原本毫无交集的商标同时出现在网络上，从而产生了大量的商标共存和共存商标冲突现象。例如在成都蚂蚁物流有限公司诉长沙市蚂蚁搬家有限公司一案中(22)，原告拥有“蚂蚁搬家”商标，被告则拥有“蚂蚁搬家”商号。由于搬迁服务本身具有较强的地域性，两家公司原本互不打扰。但随着原被告建立各自的网站并使用“蚂蚁搬家”这一标识，冲突随之产生。一般而言，分隔的市场是商标共存的前提。约定的商标共存通过约定、非约定的商标共存则根据法律规定将商标共存人的商标相隔离。但在数字网络环境中根本不存在国界，更遑论对国内市场的分隔。因此，在电子商务发展最早的美国，商标共存制度能否继续适用于网络曾经遭到司法界和学界的质疑。例如美国第四巡回法院认为在网络上的商标共存是无法想象的，因为传统的商标共存制度是建立在市场可以被分隔的基础上，而网络不仅仅是全国性的，甚至是全球性的(23)。一些学者也认为网络中的商标共存必然导致混淆[16]。
尽管在网络中，在相同或者类似的商品上使用相同或者近似商标可能更容易导致混淆，但商标共存仍然能够也必须继续存在于网络中。一方面，无论商标共存是发生在物理环境还是在网络环境中，都没有改变商标共存人应受法律保护的利益；另一方面，网络发展到今天已不仅仅是一个信息传播媒介或者促销工具，而是一个可以与实体市场分庭抗礼的成本更低廉、信息传播更迅速的独立市场。在电子商务高度发达的今天，拥有自己的网页和在网络上进行营销几乎是所有企业不可缺少或者不可忽视的。活跃在网络上的既有线上广告、线下交易的传统企业，也有很多业务主要依赖网络、甚至所有业务均依靠网络完成的企业。因此，如果不允许商标共存于网络，则势必让其中一方甚至各方都被信息时代抛弃，这显然既不公平也没有必要。美国第六巡回法庭早在2001年即明确支持了网络中的商标共存(24)。美国纽约西区地区法院在Dudley v. Healthsource Chiropractic一案(25)中也肯定了商标共存可以继续存在于网络中，因为如果只允许未注册商标使用人在网络中使用该商标，会减损注册商标权人基于联邦商标注册享有的利益和保障；而如果允许注册商标权人垄断在网络中使用该商标的权利，则过于严苛地限制了未注册商标的发展从而对未注册商标使用者不公平。我国学者对网络环境中的商标共存尚无深入探讨，但在仅有的几个案例中(26)，法院都肯定了相同或者相似的商标可以继续共存于网络。
相对于在现实环境中商标总是与立体的商品以及多姿多彩的空间环境相联系，网络中的商标都以单一的平面形式呈现，使消费者更加难以区分。而且网络中的商标图案和文字较小，如果商标项下的商品价值不大，消费者只会施以一般注意，更难以区分相似的商标。因此，在网络中，商标共存人可以在各自的网页中结合企业的其他标志，包括商号、地名等，将自己的商标与商标共存人的商标相区别。正如最高人民法院在“NEXUS”一案中指出，虽然商标的主要作用在于区分商品或者服务的来源，但商标权人的企业名称及字号、相关商品特有的包装装潢等其他商业标志也可以一并起到区分来源的作用。所以，商标共存人如在实际使用过程中结合其他商业标志，亦可以有效避免相关公众的混淆、误认(27)。当然，当事人仅在网站中简单地作“本网站与……毫无关联”之类的说明恐怕是不够的。例如在加拿大法院审理的United Airlines v. Cooperstock案中(28),被告网站域名Untied.com与原告网站域名United.com仅中间两个字母的顺序不同，网站整体风格也很接近。虽然被告网站有提示“本网站非美联航网站”，但法官认为该提示不足以将两个网站相区别，对被告颁发了禁止令。
如果说对于网页中出现的商标，因其外观设计多少有不同，加之若商标权人辅以其他标识、说明、网页设计等进行区分，消费者尚可以通过充分的注意加以辨别的话，那么对于由商标构成的或者以商标为主体的纯文字且无法进行外观设计的域名和关键词等网络标识，消费者要进行分辨显然要难得多甚至不可能。故在域名、关键词搜索和元标签等当中使用商标，使用人必须严格秉承善意原则，谨慎使用自己的商标和商号。在英国2016年的Victoria Plum Ltd v. Victorian Plumbing Ltd Ors一案中(29)，原被告的商标和商号文字构成非常接近，但由于二者外观设计不同，在线下的环境中相对容易区分，因此多年来相安无事。后该案原告得知被告竞价购买了一系列与原告商号相似的关键词，将其诉诸法院。法院认为，虽然原被告的商标和商号含义相同，在日常用语中甚至可以互换，但被告明知原告商标的存在，却没有使用自己的商号，而是购买了一系列与原告商号相似的关键词，其行为误导了消费者，构成了侵权。加拿大法院也认为将他人的商标或者商号纳入自己的域名需承担侵权责任。在Vancouver Community College v. Vancouver Career College (Burnaby)案中(30)，原告与被告商标的缩写都是VCC，但原告早于被告二十年成立，商标声誉高于被告。被告后注册域名VCCollege.ca，用户在互联网搜索VCC时，原被告双方的广告会出现在同一个搜索页面。尽管消费者点击进去后就不会再混淆，但法官仍然认为被告侵权，因为判断消费者是否被误导的时间是对一系列搜索结果进行第一眼判断之时。
商标共存人不得故意针对另一个商标共存人的市场进行广告和促销。在物理世界中，非约定的商标共存以地理界限划分各自的市场；约定的商标共存人也可以协议各自在不同的地理范围内经营。但网页通常可在全国甚至全球范围内访问，故不能避开对方的市场。不过，如果商标共存人的广告特别针对对方的市场则可能构成侵权。例如在德国2016年的默克医药公司商标争议案中(31)，原告和被告签订多个共存协议，约定原告拥有包括英国在内的欧洲地区的商标使用权，被告则拥有在美国和加拿大的商标使用权。尽管被告的网站可以在英国被访问这一现象属于被告所声称的网络无法避免的“溢出”，但被告在网页中发布的从英国招聘具有英国相应从业资格且在英国工作的人员以及招募英国供应商的广告，被法官认为是对原告市场的故意入侵，构成对原告商标权的侵犯。
除了以上的区分措施和规则，那些过于相似、特别容易混淆或被误认为有关联关系的商标的共存人，还可以在网页中添加针对商标共存情况的特别说明。例如北京“315422" target="_blank">稻香村”和苏州“稻香村”，不仅商标文字一样，且商标共存已久，各自都在一定的市场范围内享有较高的声誉，迄今为止的若干个有关“稻香村”的判决也没有彻底解决二者商标共存中的混淆问题。为避免在网络中发生更多的商标冲突，二者不妨在各自网站的显著位置对双方的商标加以比较区分，并说明两个公司不存在关联或者合作关系，甚至可以在各自的网站添加对方的链接，携手帮助消费者进行分辨，共建良好的市场秩序。