依据商标共存产生的原因，商标共存可以分为协议商标共存与非协议商标共存，协议商标共存又分为共同申请产生的商标共存，专门共存协议以及商标转让产生的商标共存。②商标共存协议是经营者为避免公众对产品的来源发生混淆或避免发生侵权纠纷，各方通过协议划定各自的商标使用方式、使用市场或使用地域范围。对于商标共存协议的性质的认定，学术界各有分说，笔者认为，商标共存协议是一种特殊的民商事合同，是经营者之间作为平等的民商事主体对所属权利的确认和再划分。
1.商标共存协议根因在于商标权的私权属性
TRIPS协议序言部分提出“知识产权是私权”。传统的财产权认为是基于物或者实际的事件，而在经济不断发展的过程中，理论界已经将财产权的概念进行扩大以适应经济变化和发展，认为财产权是一种抽象的社会关系，包括对财产的使用、收益和处分的权利。③商标的价值是可被评估的，具有财产属性。商标权作为一种财产权，具有使用权能、收益权能和处分权能。经营者即商标权利享有者有权依据意思自治原则，自主对其所有的权利进行处分。商标共存协议正是经营者处分其权利的体现。经营者通过签订商标共存协议的方式约定各自的商标使用方式、划定市场或地域，正是对已有商标的既得利益的认可、承认，对现有的商标权益以及对未来可期许的从同一商标或近似商标上获得的可期待利益的处分。双方通过签订书面协议的方式来确认已达成的合意，并按照约定执行。
2.商标共存协议是特殊的民商事合同
既然商标共存协议是经营者之间的约定，那它就离不开其民商事合同的本质属性。但是，商标权作为制度产品，不同于普通的基于民商事行为或事件产生的物权或债权，由于协议内容有别于一般民商事合同，商标共存协议具有特殊性。商标权的产生关乎公共政策，是利益相关者要求与公共政策选择相结合的产物。④商标权的设立一方面为了保护竞争，促进竞争，另一方面又要平衡权益，避免不正当竞争，对授予的权利作出诸多限制。因此，商标共存协议的效力认定中，必须将公共利益、市场秩序维护作为合同效力认定的一个重要考量因素。