商标反向混淆的危害不同于传统正向混淆。在商标传统混淆侵权案件中，侵权行为会导致在先商标权人的销售额下降及商誉受损，同时会损害消费者的利益，不利于市场秩序的稳定。商标反向混淆所造成的危害结果不再是在先商标权人的销售额下降，而是使得弱小的在先商标权人失去其商标价值。
针对反向混淆的危害，美国学者Inna Kaminer认为,“商标反向混淆会使得在先商标使用者的商标识别功能丧失,削弱其对商誉的控制力及进入新市场的能力，同时消费者也会因此受到损害。此外，若商标在后使用者商品为劣质，会导致消费者认为该劣质商品为在先商标使用者生产，且该混淆难以消除。”
日本律师大岛厚在结合国外学者及本国茶园成树教授的观点后得出以下结论：(1)反向混淆的主要危害与正向混淆相同，增加消费者购买的不确定性，使得真实商标意义与名声受损，从而导致市场效率低下；(2)反向混淆会减损在先商标使用者的商标价值；(3)若在后商标使用者使用劣质商品或提供劣质服务，会影响消费者对在先商标使用者的信赖程度。
广东省深圳市中级人民法院祝建军法官认为，商标反向混淆的危害性主要体现在三个方面：(1)商标反向混淆行为损害了商标权人的合法权益；(2)商标反向混淆行为损害了消费者的合法权益；(3)商标反向混淆行为扰乱了公平的市场竞争秩序。
笔者认为商标反向混淆危害应从多角度分析。若在先商标权人没有恶意抢注、囤积商标等造成商标瑕疵的行为，且注册商标的固有显著性不弱并进行商标使用时，商标在后使用者试图盗用在先商标权人智慧成果的反向混淆行为，易导致上述学者所提及的危害结果。反之，在先商标权人存在恶意抢注、囤积商标等造成商标瑕疵的行为、所拥有的注册商标显著性较弱且没有进行实质商标使用不会造成相关公众混淆的情形下，适用商标反向混淆将造成以下危害：(1)巨额赔偿利益会驱使大量恶意注册和商标囤积现象发生；(2)在先商标权人滥用商标反向混淆，选择权利懈怠，以期通过侵权诉讼反向劫持商标在后使用者。