为了适应深化改革扩大开放的需要，在加入世界贸易组织的背景下，第九届全国人民代表大会常务委员会第二十四次会议于2001年10月27日通过了《关于修改〈中华人民共和国商标法〉的决定》。该《决定》共四十七条，自2001年12月1日起施行。该《决定》对第一次修改后的《商标法》做了大幅度修改，增加了23条、修改了23条、删除1条、合并1条，未作实质修改的仅有17条。其立法成就主要表现在以下八个方面。
第一，将集体商标、证明商标和地理标志纳入商标法的保护范围。
第二，完善了商标注册条件。（1）将商标的构成要素由文字、图形或者其结合，扩大到所有能够识别商品（含服务，下同）来源的可视性标志。（2）细化了商标注册的显著性条件。（3）扩大了禁用标志的范围。（4）增加了商标注册的非功能性条件。（5）完善了商标注册的非冲突性条件。申请注册的商标不得与他人在先取得的合法权利相冲突，禁止代理人或者代表人抢注被代理人或者被代表人的商标，禁止以不正当手段抢先注册他人已经使用并有一定影响的商标。
第三，增加了驰名商标的特殊保护制度。根据《与贸易有关的知识产权协议》的规定和我国保护驰名商标的实践经验，对驰名商标的特殊保护措施、认定驰名商标应当考虑的因素作了规定。
第四，完善了商标注册申请制度。（1）为了解决外国商标注册申请人的超国民待遇问题，将商标注册申请人扩大到所有的自然人、法人或者其他组织。（2）增加了共同申请商标注册的规定。（3）完善了商标的分类注册制度。（4）增加了商标注册申请的优先权制度。
第五，完善了商标注册申请的审查与核准制度。在商标注册申请的审查与核准程序中，引入司法审查制度，取消商标评审委员会关于驳回申请复审的终局决定权、关于商标异议复审的终局决定权。
第六，完善了注册商标争议裁定制度。（1）完善了申请注册商标争议裁定的条件和期限。（2）完善了注册商标争议裁定的程序。在注册商标争议裁定程序中，引入司法审查制度，取消商标评审委员会关于维持或者撤销注册商标的终局裁定权。
第七，完善了商标的使用管理制度。在注册商标的撤销程序中，引入司法审查制度，取消商标评审委员会关于注册商标撤销复审的终局决定权。
第八，完善了商标专用权的保护制度。（1）完善了关于商标侵权行为的规定。增加了关于反向假冒注册商标行为的规定；完善了假冒、仿冒注册商标和销售侵犯注册商标专用权商品行为的构成要件。（2）完善了商标专用权的行政保护制度。取消了工商行政管理部门责令侵权人赔偿被侵权人损失的职权；加大了对商标侵权行为的行政处罚力度；规定了商标专用权行政保护与刑事司法保护的衔接机制；规定了商标行政执法措施。（3）完善了商标专用权的民事司法保护制度。完善了侵犯商标专用权的赔偿制度；规定了行为保全、财产保全和证据保全制度。
第二次修改后的《商标法》与第一次修改的《商标法》相比，是一次质变，是一个历史性的进步，使我国的商标法律制度完成了向现代化的转变［5］。我国对《商标法》进行第二次修改之后，我国又制定了一系列与商标有关的法律、行政法规、部门规章、司法解释，实现了我国商标法的现代化，建立了完备的商标法律体系。