1.行政阶段的认定机构
根据《商标法》的规定，申请注册商标，应当向商标局提出申请，由商标局进行初步审定，予以公告或者不予公告。对于驳回申请，不予公告的商标，申请人可以向商标评审委员会申请复审。申请人对商标评审委员会的决定不服的，可以向人民法院提起诉讼。对初步审定公告的商标，在先权利人、利害关系人或者其他人均可以根据不同的条文规定，向商标局提出异议。商标局经审查，作出准予注册决定的，异议人可以向商标评审委员会请求宣告无效；商标局经审查，作出不予注册决定的，被异议人可以向商标评审委员会申请复审。被异议人对商标评审委员会的决定不服的，可以向人民法院提起诉讼。
《商标法》还规定，注册商标成为核定使用的商品通用名称的，任何单位或者个人可以向商标局申请撤销该注册商标。对商标局撤销或者不予撤销的决定不服的，当事人可以向商标评审委员会申请复审。当事人对商标评审委员会的决定不服的，可以向人民法院提起诉讼。
由此可见，在注册商标和商品通用名称发生冲突时，任何人可以以注册商标已衍化为商品通用名称为理由，向商标局申请撤销注册商标。因此，在行政审查阶段，商标局和商标评审委员会是商品通用名称的法定认定机构。
2.诉讼阶段的认定机构
现行《商标法》并无关于法院对商品通用名称进行认定的直接规定，换句话说，法院并未获得直接对商品通用名称进行认定的法律授权。因此，在民事诉讼阶段，涉及注册商标与商品通用名称的冲突时，法院只能根据《商标法》的规定，对侵权人是否构成侵权作出认定，而无权直接对注册商标是否已衍化成为商品通用名称进行认定。对于注册商标与商品通用名称的冲突解决，当事人认为注册商标已经衍化成为商品通用名称的，仍应当依照《商标法》的规定进行处理。
《最高人民法院关于审理商标授权确权行政案件若干问题的意见》（以下简称《意见》）的规定进一步对民事诉讼阶段，法院关于注册商标与商品通用名称的冲突解决进行了限制规范。该《意见》第七条第一款规定：“人民法院在判断诉争商标是否为通用名称时，应当审查其是否属于法定的或者约定俗成的商品名称”。因此，对于注册商标与商品通用名称的冲突解决，当事人应当遵循的程序是：任何人认为注册商标成为其核定使用的商品通用名称的，均可以以此为理由，向商标局申请撤销该注册商标；对商标局撤销或者不予撤销的决定不服的，当事人可以向商标评审委员会申请复审；当事人对商标评审委员会的决定不服的，可以向人民法院起诉；在行政诉讼阶段，法院审查注册商标是否属于法定的或者约定俗成的商品名称，并作出判决。法院关于行政诉讼的判决结果，可以作为民事诉讼中法院认定商标专用权是否仍然成立、侵权人是否构成侵权的依据。