（一）注册商标无效与注册商标撤销的异同
注册商标无效与注册商标撤销在形式上具有一些共同点：二者针对的对象均是已经存在的注册商标，均是使已经获准注册的商标权归于消灭；二者均可以由商标主管机关依职权进行或者根据有关当事人的申请作出。但在实质上，这是两种性质完全不同的制度：（1）启动的原因不同。注册商标无效是因为该注册商标在注册时即存在不符合法律规定的情形，而商标管理程序中撤销的商标在注册时是符合法律规定的，但其在使用中因违反法律规定而予以撤销。（2）设置的目的不同。注册商标无效的设置是一种对存在不应注册事由的不当注册的事后补救措施，撤销是为了规范商标的使用行为。（3）期限不同。除了恶意注册的以外，注册商标无效争议应该在法定的除斥期间内作出；而撤销的作出，除了持续不使用商标需要达到法定的期间外，其他情况下不受除斥期间的限制。（4）效力不同。注册商标无效的商标其专用权视为自始即不存在，而在管理程序中被撤销的商标撤销的效力只面向未来，不溯及既往，商标专用权自撤销决定生效时丧失。
（二）注册商标无效与商标异议的异同
商标异议与注册商标无效宣告的理由基本是相同的，而且在不同理由所对应的主体条件要求方面也基本相同。但是两者具有不同的功能：（1）商标异议的对象是商标局初步审定并公告的商标，该商标尚未具有商标专用权；而被请求宣告无效的商标是已经核准注册的商标，只要在商标评审委员会或者人民法院作出商标权无效的裁决生效之前，该商标的专有权仍受到法律的保护。（2）两种程序对于实现的要求是不同的。商标异议的期限是自初步审定公告之日起3个月内。商标争议则区分不同的情形作出了不同的时限规定。（3）注册商标无效的绝对无效的情形，相对于商标异议的绝对条件而言，多出了“以欺骗手段或者其他不正当手段取得注册的”的规定。