尽管世界贸易组织((TRIPS协议》把商标权的国际保护水平提到了前所未有的高度，并大大减少了商标侵权现象，但是国际间存在的商标权纠纷依然不能由此完全消失。跨国商标权纠纷仍将长期和大量地存在，尤其是目前表现出来的～些问题非常值得人们重视。
第一，各国法律的差异造成知识产权国际保护的复杂性。
《巴黎公约》和世界贸易组织(TRIPS协议》统一了各国商标法实体条文的基本原则，但是很多具体的规定在各国商标法中还是千差万别。对抢先注册驰名商标和仿冒注册别国商标的处理，由于各国法律的差异，就很不一致。另外，各国往往倾向于认定和保护本国驰名商标，对来自外国的商标注册申请就时而认为是仿冒本国驰名商标。
对于驰名商标，世界贸易组织(TRIPS协议》没有具体讲怎么保护，各国国内法只好自行规定。这样，各国法的差异，又会为驰名商标侵权纠纷的认定与处理带来一系列麻烦。
世界贸易组织(TRIPS协议》及其他世界性知识产权公约都没有对商品的“平行进口”问题作出明确规定，而各国的法律规定也很不一致。例如，美国判例一般认定其侵犯商标权，而在德国则一般认为不会构成商标侵权行为。这样，跨国商标权纠纷就由于各国立法的差异而复杂化。
第二，发展中国家的相对滞后，造成国际纠纷的不可避免。
由于发展中国家的厂商对商标战略往往不太重视，它们在向国外申请注册商标方面就容易延误时间或没有向必要的多个国家同时提交注册申请，这就给外国厂商抢先或仿冒注册其商标提供了条件，从而为日后的纠纷埋下了隐患。
世界贸易组织(TRIPS协议》第50条和第51条对“临时措施”与“边境措施”的规定有利于打击假冒产品的进口、出口和国内销售，但是在广大发展中国家，由于法律制度不完善、知识产权执法力量薄弱，短时间内还难以完全实现以上两条的要求，因此，假冒商品在国际间引起的商标权纠纷还会大量存在。
另外，许多发展中国家商标保护制度建立较晚，对商标的保护水平也较低，而世界贸易组织TRIPS协议》把服务商标、与商标有关的原产地标志等都作为重要内容给予严格保护，这在广大发展中国家是难以完全做到的。这方面发生的商标权纠纷也还会有很多。
第三，国际间假冒制造业已有相当水平，画猫已成虎；并且假冒商品的销售也形成了庞大网络，这给打击商标侵权行为造成了困难。
随着世界经济科技水平的提高，跨国商标侵权纠纷的内容也会不断变化。但是，商标权国际保护走向统一，各国防止和解决商标权纠纷的能力逐渐增强，这种总的发展趋势是会得到加强的。