1474年威尼斯共和国颁布了世界上第一部专利法。经过几百年的发展，专利制度走向了国际化，至今已有近170个国家和地区颁布了专利法。同时，专利权的国际保护自1883年《保护工业产权巴黎公约》签订以来，已逐渐形成制度，并推进了世界范围内的专利法协调和统一过程。该过程一方面表现在各国新颁布的专利法尽量吸收国际专利保护公约的基本内容并沿用其原则，另一方面也表现在各国参照国际惯例不断修订其国内法。专利法协调和统一的过程还体现在一些地区性专利公约的出现，如《欧洲专利公约》、《班吉协定》等。
在专利权国际保护走向协调与统一的大趋势下，专利权保护的一些国际冲突也日益明显化。目前，专利权保护的国际冲突问题主要表现在两个方面：一是在建立怎样的专利权国际保护制度问题上，发达国家与发展中国家之间的冲突；二是在扩大专利保护对象问题上，各国之间的冲突。专利权的国际保护制度主要是在发达国家领导下建立起来的，也主要是对发达国家有利。这种状况至今还没有很大改变。但是，发展中国家对以发达国家为中心的专利权国际保护制度的不满，早在1961年的联合国大会上就已由巴西提案和随后的大讨论表达出来了。再到关贸总协定“乌拉圭回合”谈判，一些发达国家力主把知识产权问题引入国际贸易领域，并在关贸总协定框架内为已有的世界知识产权保护体系增加强制实施和解决争端的手段。于是，发展中国家就建立新的专利权国际保护制度与发达国家展开了激烈争论。
至于扩大专利权保护对象问题上的国际冲突，其性质与上述的冲突从根本上说是不相同的。自从专利制度建立以来，随着科技进步，专利保护对象也逐渐扩大起来。在不同的科技领域，各国主要是发达国家有不同的优势，这影响到各国对一些科技创造成果的立法态度。而立法技术上的发展又往往落后于科学技术本身的发展，因此，各国在扩大专利权保护对象问题上的矛盾也就很难避免。
下面，我们从两个方面来探讨专利权保护的国际冲突问题。
(一)各国之间的冲突
大多数国家的专利法中，都明确规定了不能获得专利的智力成果，而美国的专利法则很特殊。美国专利法没有规定什么智力成果不能获得专利，它只是规定了6类可以获得专利的智力成果，即：机器、制品、合成物、方法、植物与外观设计。与绝大多数国家不同，美国对施行于人的医疗方法和动物“新品种”等也授予专利。这种各国法之间的差异往往引起一些国际专利冲突。例如，1992年，在美国获专利的“哈佛鼠”，在欧洲专利局申请专利即被驳回。在关贸总协定“乌拉圭回合”知识产权谈判中，各国对专利保护对象的表述方式及内容展开了争论，最后签署的关贸总协定知识产权协议作了折中处理。该协议在第27条第1款规定了产品发明或方法发明，只要新颖，含创造性并可付诸工业应用，均应有可能获得专利。在下面的两款，协议又规定了可以不授予专利的智力成果。对可以不授予专利的智力成果，也是考虑到各国的不同意见，作了很大程度的调和。
对科学技术新领域的一些智力成果是否应该授予专利权或怎样行使有效的保护手段等问题，各国间的争论持续了很长时间。
首先，对计算机程序，各国设计用专利、版权或商业秘密进行法律保护。关于专利保护，计算机程序能否构成发明是争论的焦点。因为一方面，发明被认为是利用物理学、化学或生物学领域的科学原理解决技术问题的方案，作为“人脑指令”的计算机程序算不上发明；另一方面，计算机程序可能构成物理学和化学领域一项制造方法发明的不可缺少的一部分，因此当计算机程序被认为是组成发明之制造方法的一部分，且符合专利的新颖性等条件时，则可以获得专利保护。直至1971年，由于计算机程序还没有作为一种重要商品出现在国内或国际市场上，计算机程序的立法保护也就局限于各国的讨论。但关贸总协定知识产权协议明确给予计算机程序以文字作品的版权保护。在此之前，有的国家已对计算机程序或对与硬件密切联结的计算机软件部分进行专利保护。而有的国家，例如中国，为了发展本国的计算机产业直至1991年才颁布了第一部保护计算机软件版权的行政法规。
其次，在生物科学领域，扩大专利保护对象的争论也曾在关贸总协定知识产权谈判中激烈展开。
各国对生物技术发明是否以专利保护的立法受以下问题牵制：区分某项生物技术成果是发明或发现的确有困难；发明只能在化学和物理学领域作出的传统立法思想的突破在一些国家还是问题；很多法律没有将某些种类的生物技术发明排除在专利保护范围之外。
当然，某些方面的生物技术成果早已在某些国家得到不同程度的专利保护，但是对某些方面的生物技术是否给予专利保护则一直存在分歧。例如，美国除对有性繁殖的植物品种不授予植物晶种专利之外，生物技术发明的所有种类都可以获得专利；而对植物或动物品种和培育植物或动物品种的方法主要是生物学的方法不给予保护，这是包括欧沙I专利公约成员国、墨西哥、泰国等国家在内的许多国家的法律所明文规定的。
(二)发展中国家与发达国家的冲突
发展中国家对已有专利权国际保护制度的不满，在1961年的联合国大会上就正式提了出来。以巴西提案为开端，国际专利问题成了会议讨论的中心议题。发展中国家认为，现行国际专利制度强调对专利权人的利益保护，而对授予专利权的国家的利益则很少考虑。根据联合国经济及社会理事会和世界知识产权组织(WIPO)等联合制定的一个共同报告书，即1974年《向发展中国家进行技术转让的专利制度的作用》报告书的内容，全世界350万件专利中，发展中国家给予的专利约20万件(占6％)，其中的5／6又为外国人所占有，而真正由发展中国家国民占有的专利只占全世界专利的1％。另外，给予外国人专利的90％～95％，在发展中国家又根本没有实施。因此，发展中国家不但不能从专利权的国际保护中获取多少利益，反而主要承担起保护外国人而主要是发达国家国民的专利权的义务。于是，在20世纪70年代初，在发展中国家要求建立世界经济新秩序的浪潮推动下，《巴黎公约》中的发展中国家成员提出了修改《巴黎公约》的要求。围绕所提要求的基本内容，发展中国家与发达国家展开了长期的争论。要求的基本内容有以下几点：
第一，加强对不实施专利权的制裁。其涉及成员国有权要求专利权人在其国内实施专利权，专利权人进VI专利产品不能认为是实施专利权及缩短为批准强制许可所需的期限等内容。
第二，取消公约第5条第4款或使该条内容对发展中国家无效。《巴黎公约》这一条内容规定，成员国有权自行决定产品制造方法的效力是否应该及于从国外输入的相同产品。对于发展巾国家的这个要求，发达国家以维护方法专利的效力为反驳理由。
第三，设置非对等的优惠待遇。它主要涉及延长发展中国家国民在其他成员国申请专利时享有的优先权期间等内容。但是，发展中国家的以上要求一直没有得到满足。
延续到20世纪80年代，两大国家集团的争论出现了新的特点。关贸总协定第8轮谈判发起后，在乌拉圭的部长级会议上，一些发达国家要求把“服务贸易”、“投资保护”和“知识产权”作为3个新议题纳入谈判范围。一些发展中国家则坚决反对这一要求，因为知识产权等问题根本不属于关贸总协定规范和管理的内容。但是，在美国等发达国家的压力下，各国最终达成了((TRIPS协议》。这样，关贸总协定内就新建了一套知识产权保护体系，达到了部分发达国家主要是美国利用关贸总协定争端解决机制巾的报复手段，以加强其知识产权保护的目的。
《TRIPS协议》是发达国家与发展中国家经过旷日持久的谈判达成的，虽然在一系列问题上的争端最终都达成了妥协，但我们仍可从主要的争端中发现发达国家和发展中国家在建立新的专利权国际保护制度上的冲突内容。主要的争端有：
第一，专利的保护对象。
在谈判中，一些发展中国家要求把医药、化学物质创造和食品连同动植物品种列为不受专利保护的对象。发达国家对此予以反对，并最终只保留了动植物品种作为专利保护的例外，但对植物品种要有法律保护。对医药、化学物质发明创造和食品的专利权保护，协议规定发展中国家可推迟5年执行。
第二，对专利客体的追溯保护。
发达国家要求对协议生效时已经存在的医药化工产品和农用化工产品的专利保护有追溯力；发展中国家则予以反对。协议对其生效之日尚未在医药化工产品及农用化工产品进行专利保护的成员规定：该成员需在协议生效之日起制定出使上述发明的专利申请案得以上交的措施；协议适用时，再按协议规定的标准对授予的专利权进行保护。这便是双方争论的折中结果。
第三，强制许可。
协议规定，当进口能够满足当地需要时，不能实施强制许可。实施强制许可的条件是使用方以合理的商业条款及条件向权利人要求授权许可，而在合理期限内没有获得授权；成员国进入国家紧急状态，或处于其他特别紧急情况；或许可要求发生在公共的非商业使用场合。但是在谈判中，发展中国家的普遍要求是专利必须在当地实施。最后的结果虽然在协议中确立了美国专利法中没有的强制许可制度，但是总体的规定还是对发展中国家不利。
第四，权利穷竭。
协议规定在国民待遇和最惠国待遇的前提下，发生争端时，解决问题不能涉及知识产权权利穷竭方面。这使发展中国家争取在国内法中自由规定“权利用尽”内容的目标未能达到。
第五，过渡期。
协议第65条规定发展中国家成员无义务在“建立世界贸易组织协定”生效之日后5年内适用协议的规定。因此，协议对发展中国家规定了5年的过渡期；在医药、化工产品、食品等方面，在协议生效后需扩大专利权保护范围的发展中国家成员，其在相关领域对协议的适用可再延迟5年。但对过渡期的安排远远没有满足谈判时发展中国家提出的要求。
现在看来，((TRIPS协议》实现的主要是发达国家加强对专利权在内的知识产权国际保护的目的。但是，从关贸总协定“乌拉圭回合”谈判的发起到关贸总协定知识产权协议的草拟及最后签署，美国在发达国家集团中扮演了最重要的角色。(TRIPS协议》也最终实现了美国的知识产权战略目标。因此，知识产权与货物贸易之间的联系合法化，关贸总协定争端解决机制中的报复手段纳入新的知识产权保护体系，这就使发展中国家不得不大力调整其国内法律，以满足现已生效的世界贸易组织(TRIPS协议》的要求，并最终对发达国家、主要是美国的知识产权承担更多的保护义务。
总的来看，发展中国家与发达国家在国际专利保护领域的冲突在现行的世界贸易组织{TRIPS协议》中获得了新的、更全面的立法协调。