商标侵权行为侵犯了他人注册商标专用权，行为人必须承担赔偿被侵权人损失的责任；商标主管机关还可根据情节，依法给予行政处罚。
处理商标侵权行为，依法追究侵权人的法律责任，必须由具有管辖权的国家专门机关进行。在我国，受理商标侵权案件的机关是工商行政管理部门和人民法院。有关机关根据其职能，按照法定程序做出的处理或制裁的决定，具有国家强制性。
商标注册人在合法权益受到不法侵害时，既可以协商解决，也可以依照行政程序要求工商行政管理机关进行处理，还可以依照诉讼程序请求人民法院通过审理，做出判决，给予保护。
工商行政管理机关除受理被害人的投诉，负责商标侵权案件的处理外，在执行职务过程中，如果发现或者接到控告或者检举商标侵权行为时，尽管被害人由于种种原因没有请求保护，也会主动进行查处。作为国家职能机关，这不仅是其权利，同时也是义不容辞的职责。这种“主动出击”处理商标侵权行为的商标保护机制，在国际上是独具特色的，有力地保护了商标注册人的合法权益，维护了社会正常的竞争秩序。
(一)工商行政管理机关对商标侵权案件的行政处理
查处商标侵权行为是商标管理的重要内容。工商行政管理机关从中央到地方遍及全国，能够在日常的监督检查中，及时发现商标侵权行为，并根据管辖权及时处理并制裁商标侵权行为，确保了商标法制的权威和有效，维护了市场经济秩序。
工商行政管理机关认为有侵权行为的，在调查取证时可以行使下列职权：
(1)询问当事人，调查与侵权活动有关的情况；
(2)进行现场检查；
(3)检查与侵权活动有关的物品，必要时可以封存或者扣押；
(4)查阅、复制与侵权活动有关的合同、发票、账簿等有关资料。
工商行政管理机关经过查实、认定，对侵权行为人依法做出处理决定。工商行政管理机关可依照《商标法》第53条和《商标法实施条例》第52条的规定，采取下列行政处罚手段：
(1)责令立即停止侵权行为。
(2)没收并销毁侵权商品和专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具。
(3)处以非法经营额3倍以下的罚款；非法经营额无法汁算的，罚款数额为10万元以下。
工商行政管理机关做出上述处理决定后，当事人不服的，可在收到通知之日起15天内向人民法院提起行政诉讼。逾期不起诉又不履行的，工商行政管理机关可以根据当事人的请求，申请人民法院强制执行。
(4)工商行政管理机关可以应当事人的请求，就赔偿数额进行调解；调解不成的，当事人可以依照《民事诉讼法》向人民法院起诉。
(二)人民法院对商标侵权案件的处理
人民法院是国家审判机关，依照法律独立行使审判权，不受任何组织和个人的干预。人民法院处理民事商标侵权案件，以《民法通则》和《商标法》为主要依据，追究侵权人的民事责任。我国《民法通则》第118条明文规定：“公民、法人的著作权(版权)、专利权、商标专用权、发现权、发明和其他科技成果权受到剽窃、篡改、假冒等侵害的，有权要求停止侵害，消除影响，赔偿损失。”
人民法院受理的商标侵权案件可以分为三类：一类是被侵权人直接向人民法院起诉的案件；另一类是经过商标主管机关处理，但当事人对处理决定不服而向人民法院提起的行政诉讼案；再一类是就工商行政管理机关赔偿损害数额调解不成而向人民法院提起的民事诉讼案。
人民法院独立行使审判权，对行为人以民事处罚为主，民事处罚是人民法院依照民事法规对商标侵权行为所引起的损害赔偿案件所作的处理。对于商标侵权行为及其责任的认定，应以对商标专用权造成实际损害或可能损害的事实为基础，根据具体情节以及主观过错程度，依法追究侵权人的民事责任。商标民事责任的主要方式是停止侵害、消除影响、恢复名誉和赔偿损失。赔偿数额为侵权人在侵权期间因侵权所获得的利益，或者被侵权人在被侵权期间所受到的损失，包括被侵权人为制止侵权行为而支付的合理开支。侵权人所获得的利益或者被侵权人所受损失难以确定的，人民法院根据侵权行为的情节判决给予50万元以下的赔偿；此外，对其情节比较严重的行为人还可予以训诫、责令悔过、收缴进行非法活动的财物和非法所得，并可以依法处以罚款、拘留。